توجد بعض الصعوبات التي تكتنف استخدام المنهج التجريبي، ولعل أهمها

1 - يعتبر البعض من أمثال هربرت مارکیوز Herbert Marcuse أن منهجية وأدوات جمع البيانات في البحوث التجريبية تستند كثيراً إلى التزييف؛ لأنها تقوم بعزل الظواهر وتفتيتها، دون الأخذ في الاعتبار طبيعة الظواهر الاجتماعية وخصائصها العامة.

2-  إن الاعتماد على المنهج التجريبي يجعل الباحث يهتم بالأمور السطحية وغير المتعمقة عند دراسة الظواهر والمشكلات الاجتماعية وهذا ما يظهر من خلال استخدامهم لطرق وأدوات جمع البيانات كالمقابلات السريعة أو تحليل آراء دون التعمق في جوهر وطبيعة المشكلات أو السلوك الواقعي لأفراد العينة.

3-  توجد صعوبة كذلك علمية هامة تواجه الباحثين عند استخدامهم للمنهج التجريبي تتمثل في تحديد مفردات العينة ونوعية وطرق وأدوات  جمع البيانات الملائمة للدراسة، وهذا ما يتطلب أنماط من الباحثين ذو قدرات تأهيلية وتدريبية عالية.

4- صعوبة تحقيق الضبط التجريبي عند دراسة المواقف الاجتماعية نظراً لطبيعة السلوك الإنساني والظواهر الاجتماعية المعقدة وقدرة الفرد على تقييد سلوكه في مواقف تجريبية مخططة.

5- أنه من الصعب إخضاع الإنسان إلى التجريب المختبري.

6 - عدم توافر الأجهزة والأدوات التي تمكننا من قياس أثر المتغير التجريبي بين المجموعات التجريبية والضابطة.

7- أن الاعتماد على المشاهدة والملاحظة في العلوم الاجتماعية لم يكن ناجحاً دائماً؛ لأن المشاعر والعواطف، والحب، والكراهية، والحنان والتناغم الوجداني من الصعب أن تتم رؤيتها.

8 - من الصعب التحكم في أثر المتغير بنفس الدرجة على الأفراد أو الجماعات التجريبية؛ لأن تفاعل الأفراد أو استجاباتهم مع أي عامل تجريبي قد يتأثر بالفروق الفردية وبالخلفية الثقافية والاجتماعية والعاطفية للفرد والجماعة والمجتمع.

9-  أخطاء التحيز الذي يحدث نتيجة الشخصانية " الأنانية" التي يتأثر بها الباحث تجاه الموضوع أو تجاه الأفراد أو الجماعات المدروسة وكذلك أخطاء تحيز المبحوثين إذا فطنوا إلى أهمية دورهم في مجاح التجربة؛ مما يجعل الجماعة التي تحت التجربة متصنعة السلوك.

10 - التأكد من أن المجموعات المشاركة في التجربة متشابهة ومتماثلة في كل الجوانب الهامة: هذه المشكلة حادة في العلوم الاجتماعية والتي تفتقر إلى نماذج نظرية قياسية واضحة توجه أو ترشد الباحثين وتساعدهم على تقرير ما الذي يتجاهلونه أو يفضلونه أو ما الذي يحاولون ضبطه.

11 - ترتيب الموضوعات المتناولة في التجربة في جماعة تجريبية وأخرى ضابطة.

12 - قياس التغير الذي يحدث: يترتب عليها صعوبات دقيقة في العلوم الاجتماعية، وعدم توفر النموذج القياسي النظري يجعل من الصعب علينا ان نقرر أي المتغيرات يجب قياسها وكيف نقيسها، كما تجعل من الصعب علينا أن تحدد أي المتغيرات يجب التحكم فيها أو ضبطها لكي تكون جماعتين متماثلتين.