إنّ أبا جعفر بعد أن أقام مدّة في بغداد هاجر إلى المدينة وسكن بها مدّة إلى أن توفّي المأمون وبويع المعتصم، ولم يزل المعتصم متفكّراً في أبي جعفر يخاف من اجتماع الناس حوله ووثوبه على الخلافة، فلأجل ذلك مارس نفس السياسة التي مارسها أخوه المأمون من قبله فاستقدم الإمام الجواد (عليه السلام) إلى بغداد سنة 220 وبقي فيها (عليه السلام) حتى توفّي في آخر ذي القعدة من تلك السنة، وله من العمر 25 سنة وأشهر .

ودفن عند جدّه موسى بن جعفر في مقابر قريش ؛ ولا يخفى أنّه لو كان تاريخ وروده إلى بغداد هي سنة 225 هجري، يكون له يوم وفاته 30 سنة من العمر لأنّه ولد عام 195 هجري .

وقال ابن شهر آشوب: إنّه قبض مسموما فسلام الله على إمامنا الجواد يوم ولد، ويوم مات أو استشهد بالسم، ويوم يبعث حيّاً .