تتعرض نباتات السمسم للإصابة ببعض الآفات الحشرية في أطوار النمو الأولى فقط وحتى طور التزهير، حيث تتكون مادة طاردة لمعظم الحشرات الضارة (مادة السيسامولين). ومن أهم الآفات الحشرية التي تصيب السمسم في طور البادرات هي الحفار، والدودة القارضة، والبقة الخضراء. تكافح هذه الحشرات من خلال الاهتمام بخدمة الأرض والتخلص من الحشائش وتهوية التربة وتعريضها للشمس وعدم الإفراط في التسميد الآزوتي وجمع اليرقات أسفل النباتات المصابة، كما تكافح كيماويا باستعمال الطعم السام المكون من مبيد هوستاثيون 40 % بمعدل واحد وربع لتر للفدان مضافا إلي 15 كجم من جريش الذرة ويضاف للمخلوط السابق 1 - 1.5 صفيحة ماء وتترك للتخمر ثم ينثر الطعم بعد ري الأرض في بطن الخطوط عند الغروب. أما في حالة الإصابة بالدودة الخضراء والتي تتميز أعراض الإصابة بها بتأكل بشرة الورقة ونسيجها الإسفنجي وفي حالة الأعمار المتقدمة لليرقات تحدث ثقوبا غير منتظمة وتزداد شراهتها في قرض الأوراق بالإضافة إلى تواجد خيوط حريرية تربط الأوراق المصابة بعضها ببعض. وتكافح هذه الحشرة عند شدة الإصابة باستخدام اللانت 9 % بمعدل 300 جم للفدان أو ریلدان 50 % بمعدل 250سم3 / 100 لتر ماء. وتسبب البقة الخضراء، والتي تصيب السمسم في الطور الزهري والثمري وتمتص العصارة النباتية من أجزاء النبات المختلفة وخاصة العلب الثمرية إتلاف الأخيرة وضمور الحبوب بها وبالتالي انخفاض كبير في الإنتاجية. وهذا يحدث في حالة تواجد الحشرة بأعداد كثيرة من أطوارها المختلفة وتكافح هذه الحشرة بالجمع اليدوي لأقراص البيض والحوريات والحشرات الكاملة وحرقها. أما في حالة الإصابة الشديدة فيتم الرش بأحد المبيدات التالية : بريمور 50 % مستحلب بمعدل 750 سم / فدان ، أو ملاثيون 57 % مستحلب بمعدل 1.25 لتر/فدان.