باشر معهد الإمام علي(عليه السلام) للدراسات القرآنية التابع الى قسم الشؤون الدينية في العتبة العلوية المقدسة دوامه الرسمي لعامه الدراسي الأول 1439هــ وفقاً للموعد المحدد له مسبقاً، بعد أن اُستكملت كل التحضيرات والإستعدادات والتجهيزات اللازمة. وقال مدير المعهد الشيخ محمد فخر الدين:"على بركة الله انطلق العام الدراسي الأول لمعهد الإمام علي(عليه السلام) للدراسات القرآنية ونهج البلاغة والصحيفة السجادية الخاص بطلبة الحوزة العلمية، بقسميه الإقراء وعلوم القرآن الكريم، بعد ان استكملت جميع الإجراءات الكفيلة بإنجاحه، وبعد الإقبال المتزايد من قبل طلبة الحوزة العلمية للإنخراط في صفوف المعهد القرآني، تم قبول 18 طالباً في قسم الاقراء و20 طالباً في قسم علوم القرآن الكريم". 
وأضاف فخر الدين:"ان الدراسة في المعهد تستمر لمدة عامين يتم بعدها منح المتخرج شهادة تخرج صادرة من العتبة العلوية المقدسة، يتم تدريس الطالب المناهج التي أعدتها اللجنة العلمية في كلا القسمين، إذ يدرس الطالب في قسم علوم القرآن الكريم: معاني القرآن والتفسير القرآني وأحكام التلاوة ومنهج البحث العلمي وتاريخ القرآن الكريم، أما قسم الإقراء فيدرس فيه: أحكام التلاوة والتجويد العملي ومنهج البحث العلمي وعلوم القرآن الكريم، فضلا عن درس هجاء القرآن الكريم ."