ينبع النهر من هضبة تُسمّى فوتا جالون بعد التقاء عدة روافد قادمة من كلٍّ من غينيا وبوركينا فاسو وساحل العاج، ويتخذ اتجاه الشمال الشرقي متجهاً إلى مالي ليمرّ بالمنطقة المعروفة بالدلتا الداخلية للنهر؛ وهي عبارة عن مجموعة من القنوات والبحيرات الضحلة على تربة رملية في الأساس، تفيض شتاءً لتكون متاهةً من المستنقعات يخسر فيها النهر حوالي ثلث مياهه ما بين امتصاص التربة والتبخّر.

بعد تجاوز النهر منطقة الدلتا الداخلية يبدأ في الانعطاف ناحية الجنوب الشرقي فيما يُعرف بحلقة النيجر ليعبر مساحةً من الأراضي الصحراوية عبر الحدود النيجيرية بعد استقباله كميّاتٍ كبيرة من المياه من روافد تنبع في كلٍّ من النيجر وبنين، رغم ذلك يتعرّض النهر لخسارة مائية لارتفاع معدّلات التبخّر في تلك المنطقة.

في نيجيريا يلتقي النهر بأهمّ روافده الذي يُسمّى نهر بينيو إلى جانب روافد أخرى قادمة من الكاميرون تمتاز بانحدار أراضيها، ويُكوّنان ما يُعرف بدلتا النيجر، وهي الدلتا الأكبر في قارة إفريقيا وتعادل مساحتها ما يزيد عن سبعة بالمائة من مساحة نيجيريا، وتمتاز تلك الدلتا بوجود قنوات صالحة للملاحة إلى جانب وجود مستنقعات وبحيرات ساحلية، كما أنّ تلك المنطقة تُعدّ أحد أهم مناطق العالم في إنتاج النفط والغاز الطبيعي؛ حيث تعد نيجيريا أغنى دول القارة من حيث إنتاج النفط بالإضافة إلى ما يُقارب من نصف إنتاج القارة من الغاز الطبيعي.

توجد العديد من الأنشطة التجاريّة والسياحية التي تمارس على ضفاف نهر النيجر، مثل: مشروعات توليد الطاقة، ومصائد الأسماك، بالإضافة إلى المساحات الشاسعة من الأراضي الزراعية التي يرجع الفضل لوجودها إلى نهر النيجر.