اطمأن النبي (صلى الله عليه وآله وسلم) بعد صلح الحديبية إلى حد ما من ناحية قريش والعرب الذين كانوا لا يزالون على الشرك، واتجه بعد ذلك إلى إرسال دعاته إلى حكام الفرس، والروم، وعمان، واليمامة، وغيرها من البلاد المتاخمة لحدود الحجاز، ولكنه ظل يراقب اليهود الذين لا يزالون خارج المدينة ويخشى غدرهم، واليهود أشد من العرب وغيرهم عداوة للإسلام، وقد يجدون من الدول المتاخمة لحدود الحجاز من يحركهم ويغريهم بالمساعدة ويذكرهم بإخوانهم بني قريظة والنضير وقينقاع الذين أجلاهم النبي من ديارهم وسفك دماءهم، ومن الصعب أن يطمئن إليهم ويوادعهم كما وادع قريشا في مكة بعد أن جربهم ووجدهم لا يلتزمون بعهد ولا يحلف، وأخذ يعد العدة لغزوهم في حصونهم ومعاقلهم قبل أن يتصلوا بغيرهم من القبائل المعادية للإسلام داخل حدود الحجاز وخارجها. ولم يلبث بالمدينة بعد رجوعه من الحديبية أكثر من شهر - كما هو الشائع بين المؤرخين - حتى أعلن عن رأيه لأصحابه، وأمرهم أن يتجهزوا لغزو خيبر في أسرع وقت ممكن، على أن لا يغزو معه إلا من شهد الحديبية، إلا أن يكون غازيا متطوعا، كما جاء في بعض المؤلفات في السيرة. وخرج من المدينة في ألف وستمائة من المسلمين، واستعمل على المدينة نميلة بن عبد الله الليثي، وأعطى الراية لعلي بن أبي طالب كما جاء في رواية ابن هشام في سيرته، ومضى النبي في طريقه إلى خيبر، وقطع المسافة بينها وبين المدينة بثلاثة أيام، ودخل إلى مشارفها ليلا، فنزل هو وأصحابه بالقرب منها، ودعا الله بالنصر وأن يرده إلى المدينة فاتحا غانما. وفيما اليهود يخرجون من بيوتهم مبكرين على عادتهم لمزارعهم ومصالحهم فوجئوا بجيش المسلمين على أبواب مدينتهم فولوا راجعين يصرخون: هذا محمد قد جاءكم بأصحابه وأحاط بكم، فانتبه الناس من نومهم مذعورين، واستبشر النبي (صلى الله عليه وآله وسلم) وقال: الله أكبر، لقد خبت خيبر، إنا إذا نزلنا بساحة قوم فساء صباح المنذرين. ويبدو من بعض كتب السيرة أن اليهود كانوا يتوقعون هذا الغزو وكانوا على اتصال بغطفان، وعندما فوجئوا بالمسلمين اتصلوا بها على الفور وطلبوا الاسراع في النجدة. ويدعي بعض المؤرخين أنها هبت لنصرتهم ولكن جيش المسلمين قد حال بينهم وبين ما يريدون. فلقد كان يهود خيبر من أقوى الطوائف اليهودية في بلاد الحجاز وأكثرهم عددا وعدة وأمنعهم حصونا. ووقف العرب عامة وبخاصة قريش يتطلعون بشوق ولهفة إلى نتائج هذه الغزوة، ويأملون أن تكون الدائرة فيها على المسلمين، ويتراهنون على نتائجها، وتشاور اليهود فيها بينهم واتفقوا أخيرا على القتال، فأدخلوا نساءهم وذراريهم وأموالهم حصني الوطيح والسلالم، وأدخلوا ذخائرهم حصن ناعم، ودخلت المقاتلة حصن نطاة، والتقى الجمعان حول هذا الحصن واقتتلوا قتالا شديدا حتى جرح عدد كبير من المسلمين، واستبسل الفريقان، المسلمون يهاجمون وأولئك يدافعون بحماس وضراوة لا مثيل لهما، وظلوا على ذلك شطرا من النهار، وقتل في ذلك اليوم محمود بن مسلمة، برحى ألقاها عليه أحد اليهود من أعلى الحصن. وقال ابن هشام: إن القتال بقي أياما يشتد والرسول يولي القيادة كل يوم رجلا من أصحابه ويرجع خائبا، ومضى يقول: ويروى عن ابن إسحاق بسنده إلى أبي سلمة بن عمرو الأكوع أنه قال: بعث رسول الله أبا بكر برايته وكانت بيضاء إلى بعض حصون خيبر فرجع ولم يصنع شيئا، ثم بعث في اليوم الثاني عمر بن الخطاب وكان نصيبه نصيب صاحبه. وفي رواية الطبري عن أبي بريدة الأسلمي: أنه لما خرج عمر بن الخطاب بالراية ونهض معه الناس والتقى مع أهل خيبر انكشف عمر وأصحابه ورجعوا إلى رسول الله (صلى الله عليه وآله وسلم) يجبنه أصحابه ويجبنهم، وظل القتال مستمرا وكلما أعطى الراية إلى أحد رجع خائبا أو فارا. ولما بلغ الجهد بالمسلمين ونفد أكثر زادهم قال النبي (صلى الله عليه وآله وسلم) بصوت رفيع سمعه أكثر المسلمين: والله لأعطين الراية غدا رجلا يحب الله ورسوله وبحبه الله ورسوله فتطاولت لها قريش ورجا كل واحد أن يكون صاحب الراية. ولما أصبح الصباح نادى (صلى الله عليه وآله وسلم): أين أخي وابن عمي علي بن أبي طالب (عليه السلام) قيل له: إنه أصيب برمد في عينيه، قال: فأتوني به، فاستدعاه النبي بعد أن فشل المسلمون في التغلب على اليهود وكان أرمد العين كما اتفقت على ذلك الروايات، فمسح بيده الكريمة على عينه، وقيل: فأخذ من ريقه الشريف فمسح به على عين علي (عليه السلام) فبرئت من ساعتها، وقال له: خذ الراية ولا تلتفت حتى يفتح الله عليك، فقال له علي (عليه السلام): على ماذا أقاتلهم يا رسول الله؟ قال: قاتلهم حتى يشهدوا أن لا إله إلا الله وإني رسول الله، فإذا فعلوا ذلك فقد منعوا منك دماءهم. قال سلمة بن الأكوع: فانطلق علي (عليه السلام) يهرول هرولة ونحن خلفه نتتبع أثره حتى ركز الراية بين حجارة مجتمعة تحت الحصن، فاطلع عليه يهودي من رأس الحصن، وقال: من أنت؟ قال: أنا علي بن أبي طالب، قال اليهودي: علوتم وما أنزل على موسى، وخرج إليه اليهود يتقدمهم أبطالهم وفيهم الحارث أخو مرحب وكان من شجعانهم المعروفين فحمل بمن معه على المسلمين، فوثب علي (عليه السلام) وضربه بسيفه فخر صريعا، ثم كر بأصحابه على اليهود فتفرقوا بين يديه وانخذلوا بعد مقتل الحارث وجماعة منهم وولوا منهزمين إلى داخل الحصن، فاستعظم ذلك قائدهم مرحب بعد أن شهد مصرع أخيه وهزيمة من معه، فخرج من الحصن يتبجح بشجاعته وعليه درعان وقد تقلد بسيفين وتعمم بعمامتين ومعه رمحه وهو يرتجز ويقول: قد علمت خيبر أني مرحب *** شاكي السلاح بطل مجرب

 إذا السيــوف أقبلت تلتهب *** أطعن أحيانا وحينا أضرب

 فبرز له علي (عليه السلام) وهو يقول:

أنا الذي سمتني أمي حيدرة *** كليث غابات شديد قصورة

                   أكيلكم بالسيف كيل السندرة

فاختلف هو وعلي بضربتين، فضربه علي بسيفه فقد الحجر الذي كان قد ثقبه ووضعه على رأسه مكان البيضة وشق المغفر ورأسه نصفين حتى وصل إلى أضراسه، وسمع أهل العسكر صوت ضربته، ولما أبصر اليهود فارسهم مرحبا صريعا ولوا منهزمين واستولى المسلمون على الحصن. وروي عن البيهقي: أن عليا انقض على مرحب وضربه على رأسه فاتقى ضربته بترسه فوقع السيف على الترس فقده وشق المغفر والحجر الذي تحته وفلق هامته حتى أخذ السيف في أضراسه. كما روى حديث قتل علي لمرحب كل من: الطبري، وابن سعد في طبقاته، وصاحب السيرة الحلبية، وادعى: أن الأخبار متواترة على أن عليا هو القاتل لمرحب. وقال ابن الأثير: إن ذلك هو الصحيح الذي اتفق عليه أهل السير والحديث، وجزم به مسلم في صحيحه، وقال الحاكم في المستدرك: إن الأخبار متواترة بأسانيد كثيرة على أن قاتل مرحب هو أمير المؤمنين علي بن أبي طالب (عليه السلام). كما جاء في الإستيعاب: إنه الصحيح الذي عليه أكثر أهل السيرة، ورواه ابن كثير في بدايته.

وقال اليعقوبي في تاريخه: إن حصن القموص كان من أمنع حصون خيبر وأشدها، وهو الحصن الذي كان فيه مرحب، فقال رسول الله (صلى الله عليه وآله وسلم). لأدفعن الراية غدا إلى رجل كرار غير فرار يحب الله ورسوله ويحبه الله ورسوله لا ينصرف حتى يفتح الله عليه ، فدفعها إلى علي (عليه السلام) فقتل مرحبا واقتلع باب الحصن وكان حجرا طوله أربعة أذرع في عرض ذراعين في سمك ذراع فرمى به إلى خلفه ودخل الحصن هو والمسلمون. وروى السيد مرتضى الفيروز آبادي في كتابه فضائل الخمسة من الصحاح الستة في المجلد الثاني حديث الراية في خيبر بكامله عن صحيحي البخاري ومسلم، وعن أحمد بن حنبل والنسائي والاستيعاب وكنز العمال والرياض النضرة والترمذي وابن ماجة وغيرهم. وروى أكثر المؤلفين في السيرة: إن عليا (عليه السلام) بعد أن قتل مرحبا وأخاه استولى الخوف على اليهود فالتجأوا إلى الحصن وأغلقوا بابه، وكان منيعا يعرف بحصن القموص، وقد حفروا حوله خندقا يتعذر على المسلمين اجتيازه، فاقتلع باب الحصن وجعله جسرا فعبر عليه المسلمون، واستبسلوا بقيادة علي (عليه السلام) فهاجموا بقية الحصون وتغلبوا على من فيها حتى انتهوا إلى حصني الوطيح والسلالم، وكانا آخر حصونهم المنيعة وفيها الذراري والنساء والأموال. ولما أحس اليهود بأنه أسقط في أيديهم وأن المسلمين سيأسرونهم ويقتلونهم إن هم ظلوا على موقفهم طلبوا الصلح من النبي (صلى الله عليه وآله وسلم) فأجابهم إلى ذلك بعد أن استولى على أموالهم وأبقاهم يعملون في الأرض على أن يكون لهم نصف ثمرها مقابل عملهم، وكانت صفية بنت حي بن أخطب مع نسوة اليهود داخل حصن القموص، وهي زوجة لكنانة بن الربيع بن أبي الحقيق، فلما أسرها علي أرسلها مع بلال إلى رسول الله ومعها نسوة من قريباتها، فمر بهن بلال على قتلى اليهود صاحت إحداهن وصكت وجهها وحثت التراب على رأسها، ولما علم النبي بذلك قال له: أنزعت الرحمة من قلبك تمر بهن على القتلى من رجالهن وأبنائهن. وجاء في سيرة بن هشام: إن كنانة بن الربيع كان عنده كنز بني النضير فطلبه رسول الله (صلى الله عليه وآله وسلم) وسأله عن الكنز فلم يعترف به، فجاء رجل من اليهود وقال لرسول الله (صلى الله عليه وآله وسلم): إني رأيت كنانة بن الربيع يأتي هذه الخربة في كل غداة، ولكن كنانة أصر على إنكاره، فأمر الرسول بحفر الخربة فأخرج منها بعض كنوزهم، وسأله عن الباقي فأبى أن يعترف، فقال النبي للزبير: خذه واستنطقه حتى تستأصل ما عنده، ولما لم يعترف أعطاه النبي (صلى الله عليه وآله وسلم) إلى محمد بن مسلمة فقتله بأخيه محمود بن مسلمة.

ورجع من الحبشة جعفر بن أبي طالب ومن معه من المسلمين في اليوم الذي تم فيه فتح المسلمين لخيبر وكان ذلك أوائل السنة السابعة للهجرة، فتلقاه النبي واحتضنه وقبل ما بين عينيه، ثم قال: والله ما أدري بأيهما أنا أشد سرورا أبقدوم جعفر أم بفتح خيبر؟ وظهرت عليه علائم الارتياح والانشراح بتلك المفاجأة التي تساوي عنده فتح خيبر أو أكثر من ذلك، وظن بعض المسلمين إن جعفرا ومن معهم من المهاجرين أقل قدرا من أولئك الذين كانوا مع النبي (صلى الله عليه وآله وسلم) وهاجروا معه واشتركوا في الحروب والغزوات. ويدعي المؤلفون في السيرة والمحدثون أن النبي (صلى الله عليه وآله وسلم) قد أعطى لجعفر ومن معهم من المهاجرين كما أعطى غيرهم ممن اشتركوا في فتح خيبر، ولم يعط أحدا غيرهم كما جاء في رواية البخاري.