بعض الإنزيمات تتألف فقط من أحماض أمينيه ولا تحتوي على مجاميع كيماوية عدا الأحماض الأمينية مثل إنزيم pancreatic ribonuclease بينما بعض الإنزيمات الأخرى تحتاج لنشاطها إلى مركبات كيماوية إضافية يطلق عليها العوامل المرافقة والعوامل المرافقة يمكن أن تكون غير عضوية مثل أيونات الحديدوز ، المنغنيز والزنك (جدول -11) أو يمكن أن يكون العامل المرافق هو جزيئة عضوية معقدة يطلق عليها المرافق الإنزيمـ coenzyme، بعض الإنزيمات تحتاج المرافق الإنزيمي مع واحد أو أكثر من الأيونات المعدنية لنشاطها ، في بعض الإنزيمات، فأن المرافق الإنزيمي أو الأيون المعدني يرتبط ليست بقوة إلى البروتين، بل يكون مرتبط في بعض الإنزيمات بقوة إلى البروتين ففي هذه الحالة يطلق عليها المجموعة الرابطة prosthetic group وعندما يكون الإنزيم كامل وفعال تحفيزيا مع المرافق الإنزيمي والأيون المعدني يطلق علية holoenzymeو عندما يكون الإنزيم ثابت تجاه التسخين المرافق الإنزيمي والأيون المعدني، في حين الجزء البروتيني من الإنزيم يطلق عليه apoenzyme الذي تطرأ عليه تغيرات فيزياوية وكيماوية (دنترة) بالتسخين، يمكن للأيون المعدني أن يلعب دوراً مهماً كجسر لربط المادة الأساس مع الإنزيم معا من خلال تكوين معقد تناسقي أو تعمل الأيونات المعدنية كمجاميع تحفيزية مثل ذرات الحديد في الإنزيم كما في catalase الذي يحفز تحلل بيروكسيد الهيدروجين الذي تكون مراكز تحفيزية في الإنزيم بعض أملاح الحديد البسيطة لها القابلية لتحليل بيروكسيد الهيدروجين والذي تزداد قابليتها مع زيادة البروتين الإنزيمي.

جدول (11) بعض الإنزيمات الحاوية أو تحتاج أيونات معدنية كعوامل مرافقة

يلاحظ بان الأيونات المعدنية لها دور تحفيزي ودور تركيبي في 25- 33% من الإنزيمات المعروفة بالإضافة إلى ذلك ها دور تنظيمي وخاصة في التفاعلات الذي يكون فيها ATP كمادة أساس ويلاحظ أقصى نشاط أنزيمي عندما تكون المادة الأساس للتفاعل هو معقد أيون معدني - ATP- عندما تكون النسبة الجزئية للمادة ATP إلى الأيون المعدني حوالي واحد، زيادة الأيون المعدني أو ATP يعمل على تثبيط التفاعل بسبب تثبيط نشاط الإنزيم، ففي حالة غياب الأيون المعدني، فأن glutamine synthetase الذي يكون ذو تركيب بنائي مرتخي relaxed غير فعال من الناحية التحفيزية، فأن إضافة أيونات ²⁺ Mg أو ²⁺ Mn تحول الإنزيم إلى الحالة الفعالة وهي الشكل المشدود tightened إلا أن إضافة الأدنين إلى الإنزيم يغير من تخصص الإنزيم للأيون الثنائي Mg⁺² إلىMn⁺² الإنزيم الحاوي أدنين يكون حساس تجاه نسبة ATP إلى Mn⁺² بينما المنزوع الأدنين لا يكون حساس تجاه تلك النسبة لذلك فأن الإنزيم الحاوي على أدنين يمكن تنظيم نشاطه بواسطة السيطرة على نسبة ATP إلى أيون الفلز ودور Mg⁺² كعامل مرافق في فسفرة الكلوكوز.