الميكانيكا الجزيئية هي طريقة لحساب الشكل الهندسي المتزن وكذلك بعض الخواص للحالة السفلى (الدنيا) للجزيئات ground state باستخدام نموذج ميكانيكي كلاسيكي صرف purely classical mechanical فالجزيء يعامل على أنه مجموعة من الذرات مرتبطة مع بعضها بمجموعة من الزنبرك المرن elastic springs كما أن الأبعاد بين الذرات وزوايا التكافؤ وكذلك زوايا اللف والأبعاد بين الذرات غير المرتبطة بروابط كيميائية تعطي قيما للاتزان الطبيعي وكل إزاحة قيمتها من القيمة الطبيعية يصاحبها قوة معاكسة restoring force تتناسب مع الإزاحة نفسها ...

وكذلك طاقة تتناسب مع مربعها ...

والميكانيكا الجزيئية هي بالتأكيد محاولة لتحديد قيم لكل قيم الاتزان الطبيعي وكذلك ثوابت القوى k حيث تعرف المجموعة الكاملة لهذه الثوابت بمجال القوى Force field ومعرفة هذه القيم يمكننا من حساب سطح طاقة الوضع لحركة الذرات داخل الجزيئات والطاقة المحسوبة تفترض معنى طاقة التشوه steric energy على أنها طاقة الابتعاد عن شكل معين للجزيء بالنسبة للشكل الهندسي المتزن.

قيم المتغيرات التي تُعرف مجال القوى يتم الحصول عليها تجريبيا (empirical) بمقارنة الشكل الهندسي العملي والنظري، كما أن خواص أخرى يمكن معرفتها أو تحديدها، وغالبا ما تكون هي المحتوى الحراري (حرارة التكوين) وكذلك تردد الذبذبة الحرارية.

وبصفة خاصة فإن مجال القوى الذي يمكن منه حساب كل من الشكل الهندسي والتردد يسمى المجال الثابت أو المتماسك consistent field والنقطة الأساسية تكون هي المقدرة على حساب خواص عدد كبير من الجزيئات المختلفة باستخدام أقل عدد ممكن من الثوابت التي يمكن تحويلها من جزيء إلى آخر.

الآن توجد برامج كثيرة على الحاسب الآلي لحساب الميكانيكا الجزيئية والطاقة الكلية E تحسب على أنها مجموعة مساهمات مختلفة هي: