ببتيدات الإشارة Signal Peptides

ببتيدات تقع في الطرف ألأميني للبروتين N – Terminal تساعد في توجيه البروتينات الى المسار الإفرازي. وتخلق هذه على الشبكة الاندوبلازمية الخشنة في الخلايا حقيقية النواة. وهناك البعض منها يوجه البروتينات الى المايتوكوندريا مثل (Mitochondria Targeting Peptide( mtTP .في حين يقوم (Chloroplast Targeting Peptide (cpTP في النباتات بإدخال البروتينات الى داخل البلاستيدات الخضر. وفي الخلايا بدائية النواة فهو يساعد في تصدير البروتينات الى الخارج عبر الأغشية الخلوية اذ تقود البروتينات الى SecYEG Protein Conducting Channel الموجودة في الغشاء الخلوي والذي يشبه نظام موجود في الخلايا حقيقية النواة الذي يقود البروتينات الى Sec61 Channel الموجود على الشبكة الاندوبلازمية اي الذهاب بها الى قنوات النقل. تحمل ببتيدات الإشارة علامة خاصة موجودة على البروتينات المخلقة حديثا Zip Code (شفرة المنطقة او رقم المنطقة) التي توجه البروتين الى الجزء المخصص له ، اما  البروتينات او دوميناتها التي تستعرض الاغشية فتنشر بواسطة Translocon في Lateral Gates وهذه تكون بدون ببتيدات افراز .
طولها حوالي 3-50 حاض اميني ، وتكون ضرورية لانها تعرف البروتين الى وجهته ، اذا كان البروتين يفرز الى الخارج فتأخذه الى الشبكة الاندوبلازمية حيث ينضج ويصبح جاهزا للافراز في الخلايا حقيقية النواة ، تحوي الاشارة على موقع يميز بواسطة SRP) Signal Recognition Particles) ليفلق بواسطة Signal Peptidases بعد نقله عند الشبكة الاندوبلازمية

ولب ببتيدات الاشارة يشغل امتداد من الحوامض الامينية الكارهة للماء التي تميل الى تكوين حلزون الفا مفرد ،البعض منها يحوي على امتداد من الحوامض الامينية ذات الشحنات الموجبة تساعد في نقل البروتين وعند نهاية البروتين هناك توالي من الحوامض الامينية الذي يمكن تميزه بSignal Peptidase الذي يكون غالبا من البروتينات التي تستعرض الاغشية وتستقر فيها . ويقوم الانزيم بقطع توالي الاشارة اما اثناء النقل او بعد اكتمال نقله لاعطاء البروتين الناضج النهائي ، ثم يهضم ببتيد الاشارة ببروتيزات خاصة .
وبعد نقل البروتين الى الجزء او العضية الخاصة به يحدث فصل لببتيد الإشارة بواسطة بروتيزات خاصة كما ذكر آنفا لإنتاج البروتين الناضج الفعال. وهذه يمكن ان تمثل أحد التحويرات التي تحدث بعد عملية الترجمة والعملية تحدث في الخلايا حقيقية النواة وبدائية النواة على حد سواء.
وتواليات الإشارة هذه تكون في العادة غير متشابهة وتختلف في الطول بشكل كبير جدا وتختلف في الموقع ولكن هناك بعض المظاهر العامة فيها ، ومنها ان كل تواليات الإشارة تحوي على منطقة مركزية كارهة للماء تسبقها​ 2-1 من الثمالات المشحونة بشحنة موجبة (في الأغلبية) ، ولكن مثلا في تواليات الإشارة الخاصة بالبروتينات 80 ثمالة وتقع على الطرف الاميني من البروتين وتكون غنية - المتوجهة الى المايتوكوندريا تتراوح أطوالها بين 20 بالثمالات المشحونة بشحنة موجبة مثل الارجنين وكذلك الثمالات الحاوية على الهيدروكسيل لكل من السيرين والثريونين وخالية من الثمالات السالبة وتميل لتكوين حلزونات ألفا ثنائية الصفات Amphiphilic α-Helices وينفلق التوالي عندما يصبح البروتين داخل المايتوكوندريا. اما تواليات الإشارة في البلاستيدات الخضر وتسمى الببتيدات العابرة Transit Peptides فتقع على الطرف الاميني من البروتين وطولها بين 25 -100 ثمالة، تحوي القليل من الشحنات السالبة ولكن تحوي عددا كبيرا من الثمالات الحاوية على الهيدروكسيل مثل السيرين وتكون هذه الثمالات مجزأة وكل جزء يقوم بوظيفة خاصة.
اما توجيه البروتينات الى النواة فتكون ببتيدات إشاراتها بطول يتراوح بين 7-41 ثمالة وتوجد في المناطق الداخلية للبروتين وليس عند الأطراف وتحوي على قطيفة متوافقة Consensus Motifهي (K(K/R)X(K/P ،وتواليات الإشارة هذه لا تنفلق بعد دخولها الى النواة وانما تبقى في البروتين. وكل هذه المواصفات تؤخذ بنظر الاعتبار للتنبؤ في برامج حاسوب خاصة بها .