RNA Structures

التراكيب التي تظهر في هذه الجزيئات يمكن ان يوصف على ثلاثة مستويات :

- التركيب الأولي وهو توالي مستقيم يحوي على أربعة من القواعد النتروجينية U,G,C,A.
- التركيب الثانوي ويشير الى المستوي الذي يحوي على بعض المناطق المزدوجة ضمن شريط مكون من سلسلة مفردة من تواليات القواعد النتروجينية. في المناطق المزدوجة التي تشبه مزدوجات Watson and Crick التقليدية الخاصة بأشرطة DNA وفيها تزدوج G-C و U-A ، ولكن قد تكون هناك ازدواجات غير تقليدية اذ يمكن ان تزدوج U-G،والازدواج الأخير يكون غير ثابت عادة في الأشرطة المزدوجة.
-التركيب الثلاثي: ويمثل تركيب مجسم ثلاثي الأبعاد لسلسلة RNA والمستويات الثلاثة من التراكيب موضحة في الشكل الاتي :

واعتمادا على ازدواج الأشرطة والحلزونات في التركيب الثانوي يلاحظ وجود أنواع من التراكيب الثانوية وهي
-تركيب دبوس او ماشة الشعر Hairpin.
-تركيب بوقي او بشكل فقاعة Bulge Loop.
-العروات الداخلية Interior Loops.
- عروات متعددة الأذرع . 
وهذه التراكيب موضحة في الشكل :

ففي تركيب الماشة ترتبط بعض المناطق مكونة ما يسمى الساق كما موضح في الشكل أعلاه. اما تركيب الفقاعة او البوق فان ساقها يحوي على منطقة مفردة الأشرطة تنشئ بين منطقتين من الأشرطة المزدوجة وبذلك تكون بشكل فقاعة على جانب واحد من الجزء المزدوج من الأشرطة.
اما العروات الداخلية فهي مناطق مفردة الأشرطة ترتبط الى مناطق مزدوجة الأشرطة وتكون فقاعة على الجانبين.وهناك عروات التفرع وتسمى ايضا مناطق الوصل للحلزونات Helical Junctions وهي العروات التي تربط بين ثلاث قطع من تراكيب مزدوجة او أكثر مكونة تراكيب متعددة الأفرع.
وفضلا عن التراكيب الثانوية المذكورة أعلاه فان العروات يمكن ان تزدوج قواعدها مكونة تراكيب ذات مستويات تعقيد أعلى مثل العقد الكاذبة Pseudoknots وماشات الشعر المتقابلة Kissing Hairpins وتراكيب مشتركة من الفقاعات وماشات الشعر كما موضح في الشكل :

اذ يلاحظ ان العقد الكاذبة تتكون من ازدواج القواعد من ثمالات عروة ما مع ثمالات من خارج تركيب الماشة، في حين تتكون ماشات الشعر المتقابلة نتيجة تكوين أواصر هيدروجينية بين ثمالات العروات لاثنين منها. في حين تتكون تراكيب مشتركة من الفقاعات والماشات من تداخل الثمالات لكلا التركيبين. وهذه التراكيب تمثل تراكيب ثانوية فائقة Supersecondary Structures وهي نادرة في العادة لذلك تهمل في خوارزميات او برامج التنبؤ التقليدية.
واغلب التراكيب المذكورة يمكن ان تظهر في جزيئات tRNA الذي يكون تركيبه بشكل ورقة ثلاثية الفصوص مكونة من حلقة مفردة الأشرطة مع ساقها، والتركيب معقد وفيه مناطق مميزة لأداء الوظائف مثل العروة التي تحمل موقع التعرف على شفرات mRNA المراد ترجمتها والتي يطلق عليها عروة مضادة الشفرة ، والشكل التالي يوضح تركيب tRNA الخاص بنقل الحامض الاميني الفنيل-النين في الخميرة.