اتفقت الأقوال في مدفن جسد الحسين (عليه السلام)، وتعددت أيما تعددٍ في موطن الرأس الشريف.
فمنها: أن الرأس قد أعيد بعد فترة إلى كربلاء فدفن مع الجسد فيها.
ومنها: أنه أرسل إلى عمرو بن سعيد بن العاص والي يزيد على المدينة، فدفنه بالبقيع عند قبر أمه فاطمة الزهراء.
ومنها: أنه وُجِدَ بخزانة ليزيد بن معاوية بعد موته، فدُفِنَ بدمشق عند باب الفراديس.
ومنها: أنه كان قد طيف به في البلاد حتى وصل إلى عسقلان، فدفنه أميرها هناك، وبقي بها حتى استولى عليها الإفرنج في الحروب الصليبية؛ فبذل لهم الصالح طلائع وزير الفاطميين بمصر ثلاثين ألف درهم على أن ينقله إلى القاهرة حيث دفن بمشهده المشهور. 
قال الشعراني في طبقات الأولياء : إن الوزير صالح طلائع بن رزيك خرج هو وعسكره حفاة إلى الصالحية، فتلقى الرأس الشريف، ووضعه في كيس من الحرير الأخضر على كرسي من الأبنوس، وفرش تحته المسك والعنبر والطيب، ودُفِنَ في المشهد الحسيني قريبًا من خان الخليلي في القبر المعرف .
وقال السائح الهروي في الإشارات إلى أماكن الزيارات : وبها - أي عسقلان - مشهد الحسين – رضي الله عنه - كان رأسه بها، فلما أخذتها الإفرنج نقله المسلمون إلى مدينة القاهرة سنة تسع وأربعين وخمسمائة .
وفي رحلة ابن بطوطة أنه سافر إلى عسقلان « وبه المشهد الشهير حيث كان رأس الحسين بن عليٍّ (عليه السلام)، قبل أن ينقل إلى القاهرة » .
وذكر سبط بن الجوزي فيما ذكر من الأقوال المتعددة أن الرأس بمسجد الرقة على الفرات، وأنه لما جيء به بين يدي يزيد بن معاوية قال : لأبعثنَّه إلى آل أبي معيط عن رأس عثمان . وكانوا بالرقة، فدفنوه في بعض دورهم، ثم دخلت تلك الدار بالمسجد الجامع، وهو إلى جانب سوره هناك.
فالأماكن التي ذكرت بهذا الصدد ستة في ست مدن، هي: المدينة، وكربلاء، والرقة، ودمشق، وعسقلان، والقاهرة. وهي تدخل في بلاد الحجاز والعراق والشام وبيت المقدس والديار المصرية، وتكاد تشتمل على مداخل العالم الإسلامي كله من وراء تلك الأقطار، فإن لم تكن هي الأماكن التي دُفِنَ فيها رأس الحسين فهي الأماكن التي تحيا بها ذكراه لا مراء .
وللتاريخ اختلافات كثيرة، نسميها بالاختلافات اللفظية أو العَرَضية؛ لأن نتيجتها الجوهرية سواء بين جميع الأقوال، ومنها الاختلاف على مدفن رأس الحسين (عليه السلام). فأيٍّا كان الموضع الذي دُفِنَ به ذلك الرأس الشريف، فهو في كل موضع أَهْلٌ للتعظيم والتشريف. وإنما أصبح الحسين - بكرامة الشهادة وكرامة البطولة وكرامة الأسرة النبوية - معنى يحضره الرجل في صدره وهو قريب أو بعيد من قبره. وإن هذا المعنى لفي القاهرة، وفي عسقلان، وفي دمشق، وفي الرقة، وفي كربلاء، وفي المدينة، وفي غير تلك الأماكن سواء.