تصنف الإصابات الفايروسية إلى الأنواع التالية:

1. الإصابات الموضعية

الإصابات الموضعية Local infections هي التي يتموضع فيها الفايروس في جزء صغير من النسيج النباتي ويشمل ذلك عددا محدودا من الخلايا النباتية التي تحيط بمنطقة دخول الفايروس إلى النبات، وبالتالي فانه لا يتمكن من الانتشار جهازيا في النبات والتقدم باتجاه أنسجة جديدة، لذلك فان هذه الإصابات تعد نوعا من المقاومة التي يظهرها النبات اتجاه الفايروس وأن ظهورها مرتبط بنوع النبات والفايروس والعلاقة الوراثية بينهما. إن الإصابات الموضعية هي قليلة الظهور طبيعيا وليس لها أهمية اقتصادية لأنها قليلة التأثير على النباتات إلا أنها ذات فوائد علمية في دراسة تقدير تركيز الفايروسات في عوائلها وفي عزل السلالات الفايروسية وتشخيص الفايروسات.

2. الإصابات الجهازية

الإصابات الجهازية Systemic infections هي الأكثر شيوعا وخطورة على النباتات والتي تصاحب معظم الإصابات الفايروسية وتسبب خسائر كبيرة في الإنتاج الزراعي. وتعني الإصابة الجهازية انتشار الفايروس النباتي في الأنسجة الحساسة له وتقدمه في خلايا ذلك النسيج أو الأنسجة سواء عبر الخلايا أو في الأوعية الناقلة وخاصة اللحاء لينتشر في معظم أجزاء النبات حسب الأنسجة المتخصص عليها، وقد تتحدد الإصابة الجهازية التي تسببها بعض الفايروسات في منطقة معينة من النبات ولا تشمل كل أجزاؤه كما في حالة الإصابة بفايروس موت التبغ (TNV) الذي ينتشر جهازيا في الجذور فقط ولكنه قد يصبح جهازيا شاملا لكل النبات مع عوائل اخري.

3. الإصابات الكامنة

الإصابات الكامنة Latent infection هي نوع من الإصابات الجهازية التي تصاحب الإصابة ببعض الفايروسات والتي يطلق عليها "الفايروسات الكامنة أو غير الفعالة" Latent or Non-infective Viruses وتمتاز هذه الإصابات بعدم ظهور أية أعراض خارجية على النبات المصاب رغم وجود الفايروس بتركيز عالي في أنسجته وهي حالة تظهر بالتوافق بين نوع الفيروس ونوع العائل حيث لا تظهر أعراض الفايروس الكامن على النوع النباتي المعين طيلة حياته ولكن إذا تغير نوع العائل تصبح تلك الأعراض ظاهرة عليه فان هذه الإصابات تمثل علاقة وراثية معقدة بين الفايروس والنبات وهي لا تتأثر بالظروف البيئية. يحصل أحيانا مع بعض الفايروسات أن تكون الإصابة ظاهرة في بدايتها ثم تتحول إلى كامنة لتبقى هكذا طيلة حياة النبات.

تعد الإصابات الكامنة خطرة اقتصاديا لأنها (1) تسبب خفضا في الإنتاج الزراعي رغم عدم ظهور الإعراض على النباتات المصابة (2) تشكل النباتات المصابة وبسبب عدم ظهور الأعراض بؤرة لانتشار الفايروس الكامن إلى أفراد نباتية جديدة لنفس النوع أو إلى أنواع نباتية أخرى تصبح فيها الإصابة ظاهرة حيث أنها لا تثير انتباه المزارعين فلا تقلع من الحقول أثناء التفتيش الحقلي، وهناك العديد من الفايروسات التي ارتبط اسمها بهذه الإصابات ومنها فايروس القرنفل الكامن (CLV).

4. الإصابات المختفية

تتشابه الإصابات المختفية Masked infections مع الإصابات الكامنة في كل الصفات باستثناء تأثرها بالظروف البيئية وتحديدا عاملي الحرارة والضوء حيث تكون الأعراض مختفية تماما على النبات المصاب في ظل ظروف حرارة وضوء معينة ولكن عند تغير درجة الحرارة وشدة الضوء في الحقل تصبح تلك الإعراض ظاهرة على نفس النبات، وقد درس تأثير الضوء على الإصابات الفايروسية فوجد أنه يؤثر على طبيعة الإعراض التي تسببها الفايروسات وكذلك على حساسية النباتات للإصابة إذ تحصل تغيرات موسمية في طبيعة الأعراض مرتبطة بالتباينات الضوئية الناتجة عن طول أو قصر النهار ولم توفر الدراسات تفسيرات واضحة لهذه التأثيرات فوجد أن إيقاف تزويد النبات بغاز ثاني أكسيد الكربون في ظروف الضوء يؤدي إلى زيادة الإصابة الفايروسية فيما يختفي حامض الاسكوربك من أوراق النباتات المصابة المعرضة للظلام، وتحصل تأثيرات الضوء المعقدة إما بتأثير شدة الضوء Light intensity أو مدة التعريض الضوئية Photoperiodic period فمثلا يسبب فايروس الموزائيك التخططي للحنطة (WSMV) أعراض موزائيك في النهار الطويل وموزائيك وتورد في النهار القصير.

تتسبب هذه الإصابات عن العديد من أنواع الفايروسات المعروفة بأعراضها الجهازية الظاهرة التي تسببها على النباتات.

5. الإصابات الخليطة

الإصابات الخليطة Mixed infections هي إصابة النبات الفرد بأكثر من نوع فايروسي أو بأكثر من سلالة في وقت واحد وبذلك تتداخل الإصابات التي يسببها كل نوع أو سلالة وتتنوع الأعراض الجهازية التي تظهر على النبات المصاب ويظهر ذلك التداخل بإحدى الحالات التالية (1) حالة الحياد Neutralization والتي تصاحب الإصابة بالأنواع الفايروسية المتباعدة القرابة ولا تظهر في حالة الإصابة الخليطة بسلالات النوع الفايروسي الواحد حيث يعمل كل نوع فايروسي بشكل مستقل عن الأخر في النبات وبذلك فان كل منهما سيعطي أعراضه الخاصة به على النبات من دون تأثير على الأعراض التي يسببها الفايروس الأخر (2) حالة التضاد Antagonism وهي التي يطلق عليها "المقاومة المتبادلة" Cross protection او "التداخل" Interference وهي الحالة التي تحصل عند الإصابة الخليطة بسلالات النوع الفايروسي الواحد حيث تعمل السلالة الأولى على تثبيط الإصابة التي تسببها السلالة اللاحقة، وقد تظهر هذه الحالة بين الفايروسات الوثيقة القرابة ولا تظهر عادة بين الفايروسات المتباعدة القرابة، ووظفت هذه الظاهرة في مقاومة فايروسات النبات تطبيقيا، وذلك بتلقيح النبات المراد حمايته بالسلالة الضعيفة للفايروس فيكتسب النبات مناعة ضد السلالة القوية، لذلك يطلق على هذه الظاهرة أيضا مصطلح "المقاومة المكتسبة" Acquired resistance أو "المناعة المكتسبة" (3) Acquired immunity حالة التنشيط Synergism وهي الحالة التي ينشط فيها كل من الفايروسين المشتركين في الإصابة الخليطة للنبات الفرد العائل Co-infecting Viruses أحدهما الأخر وبذلك سيكون التأثير المرضي شديدا جدا على النبات لأنهما يتفاعلان معا لإعطاء أعراض أكثر خطورة من الإعراض التي يسببها كل فايروس منهما على انفراد، تظهر هذه الحالة عادة مع الفايروسات المتباعدة القرابة حيث يساعد احدهما الأخر إما في التضاعف أو في الانتشار أو في كليهما. إن حالة التنشيط هي نوع من نظم التكامل الطبيعي التي توفر فرصة لفهم كيفية تعاون الفايروسات في الإصابة المختلطة وهي تظهر عادة مع فايروسات عائلة Polyviridae حيث يكون احد أفراد هذه العائلة هو أحد طرفي الشريك التنشيطي مع الفايروس الأخر الذي ينتمي إلى عائلة فايروسية أخرى سواء كان ذو جينوم من نوع الدنا أو الرنا وتزيد هذه العلاقة التنشيطية من تراكم الفايروس الشريك في العلاقة التداخلة.

وتعد العلاقة بين فايروس البطاطا اكس (PVX) وعدد من فايروسات الجنس Potyvirus نموذجا لفهم الأساس الجزيئي للعلاقات التنشيطية الإمراضية التي تسببها فايروسات هذا الجنس لفايروسات أخرى ويطلق عليها "الأمراض المنشطة المرتبطة بفايروسات الجنس بوتي Potyvirus-associated synergistic disease واكثر العلاقات دراسة هي العلاقة التنشيطية بين فايروسي البطاطا واي (PVY) والبطاطا اكس فعند إصابة النبات بهما تظهر أعراض وضوح العروق الشديدة يعقبها موت النسيج لأول ورقة مصابة جهازيا وتزداد شدة الإعراض الجهازية بمقدار 3-10 أضعاف عند الإصابة بالفايروس الثاني منفردا ولكن لا تحصل زيادة او نقصان في شدة إصابة الاول، ولوحظ وجود عاملين مؤثرين في استحثاث الاستجابة التنشيطية بين الفايروسين المذكورين وهما (1) توقيت الإصابة بهما فلكي يحصل التنشيط يجب أن يدخل فايروس البطاطا اكس إلى الخلايا المصابة بفايروس البطاطا واي عندما يكون في حالة التضاعف النشط، أما إذا حصلت الإصابة بفايروس البطاطا اكس خارج هذا التوقيت فإنها لن تؤدي إلى تنشيطه ولن يزداد تراكمه في أنسجة النبات (2) الحالة التطورية للنبات العائل حيث تحصل أفضل حالات التنشيط عندما تكون الأنسجة المتأثرة بنفس مستوى النضج.

وجد أن القطع الرايبية المسؤولة عن تشفير البروتين Pl/HC-Pro لفايروس نقش التبغ (TEV) هي التي تنشط تضاعف ثلاثة فايروسات من خارج عائلة Potyviridae وهي موزائيك التبغ وموزائيك الخيار والبطاطا اكس في الإصابات الخليطة، وأن آلية هذه القطع الرايبية في تنشيط الفايروس الأخر هي استهداف وتثبيط النظام الدفاعي النباتي وهو نظام "الإسكات الجيني عقب الاستنساخي" Posttranscriptional gene silencing, اختصارا PTGS الذي يعيق تضاعف الفايروسات من خلال تفكيك الحامض الرايبي الفايروسي حيث تهاجم تعاقبا نيوكليوتايديا معينا فيه، ويتنشط هذا النظام ويبدأ بالعمل بواسطة القطع الجينومية الثانوية للحامض النووي الفايروسي الطبيعي Subgenomic particles أو لأشكال شاذة منه Aberrant forms والتي قد تكون جزيئات ثنائية الخيط dSRNA تعمل مستحثات لهذا النظام الدفاعي وبذلك يكون الفايروس ذاته هو المنشط الفعال Potent activator لنظام الدفاعي PTGS لذلك فأن الآلية المقترحة لعمل بروتينات Pl/HC-PrO هي إيقاف مسار "الإسكات الجيني عقب الإستنساخي" ولإثبات ذلك فقد أجري تهجين بين نباتات معدلة وراثيا تمتلك جين إظهار هذه البروتينات وهو الجين GUS مع نباتات لديها جين إظهار الإسكات الجيني فوجد أن الذرية الناتجة منها فقدت قدرة الإسكات الجيني. وبينت الدراسات أن البروتين الأساسي الذي يخمد الإسكات الجيني هو HC-PrO ويساعده البروتين Pi الذي يعد غير أساسي في هذه الوظيفة وبذلك يبدوا أن فايروسات  Potyvirusesطورت تخليق بروتينات PI/HC-Pro كدفاعات مضادة Counterdefence لنظام الإسكات الجيني الدفاعي النباتي.

لقد سجلت حالات تنشيط أخرى لفايروسات لا تعود لعائلة Polyviridae إذ يحصل تنشيط بين فايروسي موزائيك التبغ والبطاطا اكس في الطماطه مسببا مرضي التخطيط المزدوج Double Streak ويؤدي ذلك إلى زيادة تركيز الفايروس الثاني في النبات، ويفسر سبب حدوث التنشيط إلى إظهار قطع جينومية ثانوية من جينوم الفايروس المحفز للتنشيط وبطريقة مماثلة لعمل التعاقب النيوكليوتايدي الذي يخلق بروتينات PI/HC-PrO في فايروسات Potyviruses. كذلك لوحظت حالة تنشيط بين فايروس موزائيك التبغ وفايروس أسبرمي الطماطة (TAV) وبين فايروس التبرقش الأصفر للوبيا (CCMV) وفايروس موزائيك الفاصوليا الجنوبي (SBMV) وبين فايروس موزائيك الجات (AMV) وفايروس موزائيلك اُو كيوبا البطاطا(PAMV).