تعد المياه من العوامل الطبيعية الهامة التي تتحكم في الإنتاج الزراعي، حيث تؤثر المياه المتوافرة للري وللحيوان على مساحة الأرض المزروعة، وعلى التركيب المحصولي، ومعدل الانتاج الزراعي والحيواني.

ومصادر المياه من الأنهار والبحيرات التي تتكون بفعل الامطار او تجميع مياه الينابيع ومياه الصرف الزراعي والصحي بعد تقيتها، ومن المياه المحلاة، ومن الامطار، والمياه الجوفية.

واعتماد الزراعة على المياه الجوفية يتطلب التعرف على خزانات المياه الجوفية، وتوزيعها والطبقات الحاملة للمياه ومقدارها وخصائصها ومصادرها ومدى القدرة على تجديدها، وعادة ما يكون الاعتماد على المياه الجوفية عندما لا تتوافر المياه السطحية او مياه الامطار ولذلك فان اسهامها في الري ليس كبيرا، وتحتاج في حالة الاعتماد عليها الى مزيد من النفقات لحفر الآبار وأدوات الرفع، كما انها معرضة للنافد في حالة عدم تجدد مصادرها، او الى زيادة نسبة الملوحة أحيانا، وخصوصا عندما تكون قرب سواحل البحار، ولذلك لا يلجا اليها المزارعون الا عندما يصعب الحصول على المياه من مصادر الري الأخرى.

واما مياه الأنهار فهي التي تشكل العامل الأساسي الهام في الزراعة المستقرة المنظمة التي يمكن التحكم في أنواع المحاصيل التي تعتمد عليها، وتنظيم الاستفادة من مياهها بإقامة الترع والقنوات والخزانات والسدود، وتحقيق الاستقرار وزيادة الإنتاجية، وهذه تنتشر على نطاق واسع كتلك المعتمدة على انهار النيل في مصر، ودجلة والفرات في العراق، والجانج في الهند وبنجلاديش، والبرهمايترا في بنجلاديش، والسند في الباكستان، واليانجتس والهوانجهو في الصين، والمسيسبي في الولايات المتحدة، و الأمازون ولابلاتا في أمريكا الجنوبية، وغيرها من الأنهار المنتشرة في العالم.

وقد كان لهذه الأنهار الفضل في نشأة الزراعة وقيام الحضارات القديمة على ضفافها والتي من ابرزها حضارة مصر القديمة، وحضارة ما بين النهرين (دجلة والفرات) , واما المياه المحلاة التي يمكن الحصول عليها من البحار والمحيطات والبحيرات الملحية وذلك بعد التخلص من الاملاح، فهذه تحتاج الى المزيد من النفقات حتى تصبح صالحة للري، وهذا من شانه زيادة تكلفة الإنتاج الزراعي، ولذلك يعتمد على مثل هذه المياه في الشرب وغير ذلك من الاستخدامات المنزلية، وبدرجة محدودة جدا وللضرورة في الزراعة. ولكن قد يزداد استخدامها مستقبلا اذا امكن تخفيض نفقات تحليتها مع صعوبة الحصول على المياه من مصادر أخرى اقل جهدا وتكلفة.

واما مياه الصرف الزراعي، فتحتاج الى معالجة قبل استخدامها للتخلص مما علق بها من الاملاح ذائبة نتيجة استخدام المخصبات، او المبيدات الحشرية التي تستخدم للقضاء على الآفات وامراض النبات وغير ذلك مما يمكن ان يعلق بها اثناء جريانها، ولذلك فهي تحتاج الى جهد قبل استخدامها، وهذا يرفع من تكلفة الإنتاج الزراعي الذي يعتمد عليها، بالإضافة الى انها غير مأمونة الجانب من حيث صلاحيتها في ري الأراضي التي تنتج محصولات غذائية للإنسان، ولذلك تستخدم عادة في ري الحدائق ورش الطرق او اعمال البناء وغير ذلك من الاستخدام الذي يبعد الخطر عن الانسان.

ومثلها مياه الصرف الصحي التي تشكل خطرا اكبر اذا استعملها الانسان، ولذلك تعد مساهمة مياه الصرف الصحي والزراعي محدودة نسبيا، ولكنها تخفف الضغط على مصادر المياه الأخرى التي تصلح للري الزراعي، وبالتالي فهي تساهم في الزراعة بطريق غير مباشر.

واما مياه الامطار فهي تلعب دورا هاما في الإنتاج الزراعي في كثير من المناطق، خصوصا في المناطق التي لا تتوافر فيها مياه الأنهار، او المناطق التي يصعب فيها الاستفادة من مياه الأنهار، او في بعض المناطق الصحراوية التي يمكنها الاستفادة من مياه الامطار مهما كان قليلا اذا لم يكن للزراعة فيكون من اجل الرعي، ويظهر ذلك بشكل واضح في معظم الدول الاوربية التي تعتمد على الامطار حيث يصبح الاعتماد أساسيا على المطر، والمشكلة تصبح في صرف المياه الزائدة عن حاجة الزراعة في حالة زيادة الامطار، فالأنهار التي تجري في اوربا معظمها تساعد في صرف مياه الامطار بعد الاستفادة منها في الري، بالإضافة الى استخدامها في الري.

كما تلعب الامطار دورا هاما في الإنتاج الغابي، حيث تعتمد عليها الغابات، وكذلك المراعي الطبيعية للحيوان, ونظرا لعدم ثبات مياه الامطار، وتعرض بعض المناطق التي تعتمد عليها في الزراعة الى المخاطر فقد أقيمت بعض الخزانات لحفظ مياه الامطار لتنظيم الاستفادة منها

كما في المملكة العربية السعودية حيث يوجد سد بيشة وسد نجران وجيزان ووادي الدواسر التي أقيمت لتنظيم الاستفادة من مياه الامطار.

اما الري المعتمد على مصادر المياه المنتظمة فله مزاياه، فهو يساعد على استقرار وتنظيم الإنتاج، حيث يمكن التحكم في وقت وحجم المياه اللازمة لكل محصول حسب طبيعته، كما يمكن التحكم في التركيب المحصولي والدورة الزراعية. وكما يساعد على زيادة خصوبة التربة عندما تكون المياه من فيضانات الأنهار التي تحمل الطمى الذي يجدد خصوبة التربة الزراعية.

ورغم هذه المزايا فان للري سلبياته، فقد يترتب عليه زيادة ملوحة التربة فيؤدي الى تدهورها وضعف انتاجيتها، وقد يؤدي الى ارتفاع منسوب الماء الأرضي فيضر ببعض المحاصيل، وقد يؤدي الى تكاثر بعض الطفيليات والآفات التي تضر بالنبات والانسان والحيوان، كما انه يساعد على زراعة الأرض اكثر من مرة مما يضعف قدرتها مما يتطلب الاستعانة بالمخصبات. ولكن هذه السلبيات جميعها يمكن معالجتها والتغلب عليها، وتعد شيئا لا يذكر امام الإيجابيات، وامام الحاجة المتزايدة للإنتاج الزراعي لمواجهة زيادة السكان المضطردة ونظرا لعدم زيادة الرقعة الزراعية بنفس معدل الزيادة السكانية.