من بين المحن الكبرى التي امتحن بها الإمام امتحانا عسيرا هي فتنة الخوارج فإنّ الإمام لم يقض عليهم في النهروان وإنّما قضى على عصابة منهم ، وبقي الكثيرون منهم يعيشون معه وهم يكيدون له ويتربّصون به الدوائر ويحوّلون قلوب الناس عنه فقد أمنوا من بطشه وعقوبته وأطمعهم فيه عدله وأغراهم لينه وبسطه للحريات العامّة فراحوا يجاهرونه بالانكار عليه فقد قطع ابن الكوّاء على الإمام خطابه وتلا قوله تعالى : {لَئِنْ أَشْرَكْتَ لَيَحْبَطَنَّ عَمَلُكَ} [الزمر: 65] فردّ عليه الإمام بآية اخرى : {فَاصْبِرْ إِنَّ وَعْدَ اللَّهِ حَقٌّ وَلَا يَسْتَخِفَّنَّكَ الَّذِينَ لَا يُوقِنُونَ} [الروم: 60] وجاءه خارجي آخر وهو الخريت بن راشد السامي في ثلاثين من أصحابه فقال له : يا علي والله! لا اطيع أمرك ولا اصلّي خلفك وإنّي غدا مفارقك , فلطف به الإمام وحاججه وخلّى سبيله ولم يأمر باعتقاله وقفل الخريت راجعا إلى قومه من بني ناجية الذين كانوا من حزب عائشة فأحاطهم علما بما جرى بينه وبين الإمام فأجمع رأيهم على إعلان الحرب على الإمام فأرسل الإمام إليهم جيشا لردّهم إلى الطاعة أو مناجزتهم إن أبوا ذلك فلحق بهم جيش الإمام فكانت بينهما مناظرات لكنّها لم تجد شيئا معهم فقد أصرّوا على تمرّدهم ووقع القتال بينهما ولم يحرز أحد الفريقين نصرا على الآخر وهرب الخريت مع أصحابه إلى البصرة وقفل جيش الإمام راجعا إلى الكوفة ؛ وأرسل الإمام جيشا آخر يتعقّب الخريت وأرسل إلى ابن عباس عامله على البصرة أن يمدّ جيشه بالسلاح والعتاد فأمدّهم ابن عباس بما أمر به والتقى الفريقان واحتدم القتال كأشدّه بينهما وبدت امارة الانحلال والضعف في جيش الخريت إلاّ أنّه انهزم مع أصحابه في غلس الليل متّجها صوب الأهواز ؛ فلمّا انتهى إليها أخذ يبذر الفتنة فيها ويشيع الجريمة ويدعو إلى الزهد في الإسلام فمنع العرب من إعطاء الزكاة ومنع النصارى من إعطاء الجزية حتى ارتدّ الكثيرون من النصارى الذين دخلوا في الإسلام والتفّوا حوله كما استجاب له جمع من الغوغائيّين حتى ظهر أمره وقويت شوكته ألا إنّ جيش الإمام قد تتبعه فقتله وقتل عصابة من حزبه وأسر جماعة منهم فمن أعلن إسلامه وتوبته عفا عنه ومن لم يسلم وبقي مصرّا على فكرته أخذه أسيرا معه ؛ وعلى أي حال فقد أخذت الفتن تتّسع وتتوالى في البلاد الخاضعة لحكم الإمام ولم تسلم منها عاصمته حتى أوجبت خذلان الإمام وشهادته وخذلان ولده الإمام الزكي ريحانة رسول الله (صلى الله عليه واله) الإمام الحسن (عليه السلام) , وقد ألحقت هذه الأحداث الرهيبة أضرارا بالغة في المجتمع الإسلامي كان من أقساها وأفجعها أن آلت الخلافة الإسلامية إلى معاوية بن أبي سفيان فأخذ يمعن في إذلال المسلمين وإرغامهم على ما يكرهون .