ان حركة المياه في البحيرات تتأثر بشكل رئيسي بالرياح. فعدم انتظام هبوب الرياح وعدم انتظام شكل البحيرات يؤدي الى عدم انتظام حركة مياه البحيرات. وقد قامت عدة جهات بمحاولة لدراسة هذه الحركة بعدة وسائل عن طريق الملاحظة المباشرة والقياس واعداد النماذج الرياضية والاحصائية المعقدة، ومن ابرز الجهود التي بذلت في هذا المجال على بحيرة اونتاريو خلال 18 شهرا متواصلا (1972 – 1973)، والتي قامت بها: (ifygl) the international field year on the great lakes.

وقد تبين من تطبيق العديد من المعادلات الخاصة بعلم الهيدروميكانيك وبخاصة نماذج reynolds، ان حركة الرياح الثابتة ستؤدي الى نشوء ما يدعى set up وقوف مياه سطح البحيرة. حيث تعمل الرياح القوية في المياه الضحلة على إيجاد انحدار شديد ضمن مياه سطح البحيرة. وعندما تغيب/ او تختفي الرياح القوية الثابتة يظهر تذبذب محلي بمستويات مياه سطح البحيرة وتدعى هذه الظاهرة seiches ومن المرجح ان تكون هذه الظاهرة ناجمة عن تباين الضغط الجوي على نطاق محلي بين منطقة وأخرى من البحيرة.

وتسبب الرياح أيضا بوجود التيارات الحرية ضمن البحيرات الكبرى

وبخاصة في المناطق المحاذية للسواحل، وتسجل بعضها سرعات عالية قد تصل الى 30 سم/ ثانية وبخاصة بعد هبوب العاصف العنيفة، وتسير هذه التيارات عادة بجوار السواحل وبموازاته، بينما تكون سرعة التيارات المائية في الغالب اقل من سرعتها على السطح. كما يساهم اختلاف درجة حرارتها مياه البحيرة واختلاف كثافتها تبعا لتتابع الفصول الى ظهور بعض التيارات المائية الداخلية. وقد طورت العديد من النماذج الرياضية لدراسة هذه التيارات المائية اشهرها (tgm) topographic gyre model.