يتضمن الشكل العام ثلاثي الأبعاد للإنزيم الناتج عن تداخلات المجاميع الجانبية مع بعضها بحيث تصبح السلسلة الببتيدية المتعددة للإنزيم مطوية بشدة ومكثفة بشكل مرصوص ويحافظ التركيب الثلاثي على الشكل الذي يساهم في تكوينه الارتباط بين الأحماض الأمينية الذي يكون موقعها متباعدا في التركيب البنائي الأولى، قد تتقارب مع بعضها عند تكوين الشكل ثلاثي الأبعاد للإنزيم بسبب الالتواء للسلاسل الببتيدية وتساهم أواصر ثنائية الكبريتيد في تثبيت التركيب البنائي الثلاثي بالإضافة إلى الروابط الأخرى وقت دراسة التركيب البنائي ثلاثي الأبعاد بواسطة الانكسار للأشعة السينية لعدد من الإنزيمات كما أعطت التحاليل للأشعة السينية لعلم البلورات تفاصيل التراكيب البنائية ثلاثية الأبعاد للإنزيمات التالية hexokinase, transcarbamylase acetyl CoA carboxylase, carbonic anhydrase, chymotrypsin, carboxypeptidase A, ribonuclease, lactate dehydrogenase, carboxylase, RNA-polymerase.glycogen phosphorylase, lysozyme,