تتعرض النباتات الطبيعية لمجموعة متنوعة من المشكلات كالاستهلاك المفرط وتفشي الآفات والإمراض والحرائق فضلاً عن العواصف والفيضانات والانزلاقات الأرضية مما يؤدي إلى تقلص المساحة الإجمالية التي يشغلها الغطاء النباتي ويهدد تنوعها بخطر الانقراض، إذ يشير التقريرالصادرعن معهد المراقبة العالمي (World Watch Institute) إلى أن أكثر من 30 ألف نوعاً من مجموع 270 ألف نوعاً من النباتات المعروفة في العالم (11%) تتعرض لخطر الانقراض (441) 2009 ,.Getis et al. وفيما يأتي بيان لأهم المشكلات التي تتعرض لها النبات الطبيعي:

1- الاستخدامات البشرية:

يعد السكان السبب الرئيس في تدهور الغطاء النباتي ولك بسبب تزايد أعداد السكان من حوالي 2.5 مليار نسمة سنة 1950 إلى حدود 7.3 مليار نسمة سنة 2015 وسوف يتجاوز عدد سكان العالم في سنة 2050 حدود 9.7 مليار نسمة (18 :2015 (UN)، مما يترتب عليه تزايد الطلب على النباتات الطبيعية والمساحات الخضراء. تتمثل الاستخدامات البشرية للنبات الطبيعي بالأنشطة الزراعية من خلال قطع الأعشاب والأشجار واستثمار أراضيها لزراعة المحاصيل الزراعية وتربية الحيوانات، وان الرعي المفرط للحيوانات الداجنة في مناطق الأعشاب يتسبب في تناقص النباتات بسبب الرعي أو القص، كما تعمل الأنشطة الصناعية على قطع الأشجار واستثمارها في الصناعات المختلفة وتعمل الصناعات الاستخراجية والتعدين على تدمير مساحات واسعة من الأراضي التي يغطيها النبات الطبيعي، كذلك قد يعمد الإنسان على تجريد الأراضي التي يشغلها الغطاء النباتي لاستثمارها في إنشاء القرى والمدن السكنية والسياحية. إن العمليات المستمرة لقطع الأشجار والأعشاب للأغراض الزراعية والصناعية والعمرانية تؤدي إلى تناقص مساحة الغطاء النباتي وانتشار ظاهرة التصحر في العالم، إذ يقدر المعدل السنوي لمساحة الأشجار المقطوعة من الغابات في العالم بحدود 13 -16 مليون هكتار منظمة الأغذية والزراعة، 2010: 12

- 2الآفات والأمراض: Pathogens تعد الآفات والأمراض من أهم المشكلات التي تهدد النبات الطبيعي وذلك لسعة انتشارها وشدة تأثيرها وصعوبة معالجتها، إذ تؤثر على حياة النباتات وإنتاجها وأحجامها وأنواعها وكثافتها فضلاً عن مظهرها الخارجي، ويقدر المعدل السنوي لمساحات الغابات المتأثرة بالآفات الحشرية على سبيل المثال بحدود 35 مليون هكتار. إن البيئة المحلية السبب الرئيس لإصابة النباتات بالامرض وتفشي الآفات إذ يودي الإشعاع الشمسي ودرجة الحرارة والرطوبة الجوية وخصائص التربة إلى اختلاف فسيولوجية النبات ووظائفه، واغلب الكائنات المسببة لأمراض النباتات هي الطفيليات التي تعيش على أنسجة النباتات فضلاً عن الفيروسات. وقد تكون الآفات بسبب الحشرات والحيوانات الدقيقة، ومن ابرز الحشرات المدمرة للنبات الطبيعي هي خنفساء الصنوبر الجبلية التي دمرت في أواخر التسعينات بحدود 11 مليون هكتار من الغابات في كندة وغرب الولايات المتحدة الأمريكية منظمة الأغذية والزراعة.

3ـ حرائق الغابات : Forest Fires  

تمثل حرائق الغابات اخطر المشكلات التي يعاني النبات الطبيعي والسبب الرئيس في تدهور الغابات (Forest Degradation) وذلك لأثارها السلبية الواسعة على البيئة الحيوية بشكل عام بسبب سرعة امتداد الحرائق لمساحات واسعة واستمرارها لمدة طويلة قد تصل إلى أشهر عديدة يقدر المعدل السنوي لمساحة الغابات المحترقة في العالم بحدود 60 مليون هكتار (منظمة الأغذية والزراعة،  لقد تم تصنيف حرائق الغابات على أساس المصدر المسبب للحرائق إلى صنفين رئيسين يطلق على الأول بالحرائق البشرية سواء كانت مقصودة أو بالاهمال وتمثل اكثر من 90% من أجمالي حرائق الغابات في حين يطق على الصنف الثاني بالحرائق الطبيعية والتي تمثل بحدود 10% من أجمالي حرائق الغابات في العالم , تتمثل الحرائق البشرية بشكل عام من خلال حرق الغابات من اجل الاستفادة من اراضيها للاغراض الزراعية وكذلك بفعل إهمال السواح والصيادين للنيران التي قد تتسبب بفعل عمليات الطبخ والتدخين والاطلاقات النارية على الحيوانات، في حين تتمثل الحرائق الطبيعية بشكل رئيس بالعواصف البرقية غير أن ضربة البرق (Lightning Strike لا تسبب حرائق للغابات الا بتوفر مجموعة من الظروف والتي منها ارتفاع درجة الحرارة وانخفاض الرطوبة ورياح عالية السرعة. لحرائق الغابات آثار بيئية متعددة تتمثل بشكل رئيس في موت واختفاء أعداد كبيرة من النباتات المتنوعة، كما تؤثر الحرائق سلباً على التنوع الحيواني جراء موتها وهجرتها، وكذلك تؤثر الحرائق سلباً على خصائص الترب ولاسيما في طبقاتها السطحية، فضلاً عن ذلك تعد حرائق الغابات من أهم أسباب التلوث البيئي وزيادة عناصر الاحتباس الحراري لكونها تنتج غاز أول اوكسيد الكربون السام وما لذلك من آثار على صحة السكان ومستقبل حياتهم. ومن أشهر حرائق الغابات في التاريخ المعاصر هي الحرائق التي نشبت في البرازيل خلال عام 1998 دمرت هذه الحرائق مساحة تقدر بحدود 1 مليون هكتار، وفي اندونيسيا نشبت حرائق خلال عامي 1997 1998 في جزيرتي بورنيو وسومارتا مما دمر مساحة مقدارها 456 ألف هكتار، وفى جنوب فلوريدا أدى حريق واحد إلى تدمير مساحة مقدارها 60 الف هكتار خلال شهرنيسان في عام1990.