أما في الأقصر نفسها فقد أقام «أمنحتب الثالث» معبدًا خاصًّا بالإله «آمون»، كما أقام له جدُّه العظيم «تحتمس الثالث» معبدًا خاصًّا في الكرنك، ويُعَدُّ المعبد الذي أقامَه «أمنحتب» في هذه الجهة أجمل معبد أُقيم في عهد الأسرة الثامنة عشرة من حيث الدقة الفنية والتنسيق في البناء. وتدل النقوش التي على جدرانه على أن «أمنحتب» قد أقامه على أنقاض معبد قديم كان قد أُقيم في عهد الدولة الوسطى (راجع Leiblein, “Aegyptische Genealogien” A. Z. VII. (1896) p. 122ff). وقد وصل إلينا وصفُ هذا المعبد في نصين أحدهما على لوحة المعبد الجنازي الذي أقامه هذا الفرعون لنفسه على الضفة الغربية للنيل (راجع Breasted, A. R. II, §. 886( والثاني على عقد بوابة في المعبد نفسه (راجع L. D. III, Pl. 73, and Text. III, p. 80, 81)، والمعبد الحالي من عمل فراعنة عديدين، ولا يُنسب «لأمنحتب الثالث» منه إلا الجزء الجنوبي، ويعتقد الأستاذ «بتري» (راجع Petrie, “History”, II, p. 191(. خلافًا لغيره من المؤرخين أن هذا المعبد لم يكن متصلًا بطريق الكباش بمعبد الكرنك في عهد «أمنحتب الثالث»، وذلك لأن محور هذا المعبد، وطريق الكباش، لا يوجد بينهما حبل اتصال، أو علاقة تصل أحدهما بالآخر. أما ارتباط معبد الأقصر، بمعبد الكرنك، فيرجع أصله إلى التغييرات التي عملها «رعمسيس الثاني«.

شكل 1: معبد الأقصر.

وهذا المعبد الفخم، يشمل خمسة أجزاء لها ثلاثة محاور مختلفة بعض الشيء، فالمحراب وهو المكان الذي ينتهي إليه الاحتفال بتمثال الإله ويوضع فيه مفتوح من الأمام والخلف وله قاعة أمامه، ورواق ذو عَمَد في الخلف، وحجرات جانبية، وأمام رواق العمد هذه ساحة مفتوحة. ثم قاعة عمد فيها أربعة صفوف، كل منها يحتوي على ثمانية أعمدة، محورها ينحرف بعض الشيء إلى الشمال، بدلًا من الشمال الشرقي مثل المحراب، وبعد ذلك ساحة يُحيط بها عمد بُنيت في اتجاه المحراب، وأخيرًا نجد أمام هذه الساحة والبوابة الضخمة، التي تُؤلِّف واجهة المعبد، طريقًا على جانبه أربعة عشر عمودًا، بمثابة مدخل، وأمامها بوابة أصغر من السالفة.

وصْف المعبد كما جاء في الوثيقة الأولى:

ملك الوجه القبلي، والوجه البحري، رب الأرضين «نب ماعت رع» (أمنحتب الثالث)، وارث رع، وابن الشمس، رب التيجان، «أمنحتب الثالث»، حاكم طيبة الذي رضي ببناء أقامه لوالده «آمون» رب «طيبة» في «إبت» الجنوبية (الأقصر) من الحجر الرملي الأبيض الجميل، وقد أقامه واسعًا كبيرًا، وقد زيد في جماله، وجدرانه من السام، ورقعته من الفضة، وكل أبوابه قد غشِّيت با … وبرجاه يصلان إلى عنان السماء، ويمتزجان بالنجوم، وعندما يراه القوم ينطلقون بالحمد لجلالته. وإنه الفرعون «نب ماعت رع» الذي أرضى قلب والده «آمون» رب «طيبة» الذي وهبه كل مُلْكه، ابن الشمس، «أمنحتب» حاكم «طيبة» ضياء «رع».  الوثيقة التي على عتب المعبد: لقد أقامه (المعبد) أثرًا لوالده «آمون رع» ملك الآلهة، فأقام له قصرًا جديدًا من الحجر الرملي الأبيض الجميل، وأعلى بناءه جدًّا وزاد في وسعه، وزيَّنه بالسام جميعًا، وبكل الأحجار الفاخرة الغالية؛ ليكون مأوًى للإله «آمون» ومكان استراحة لرب الآلهة، وقد عمل على غرار أفقه (مسكنه) في السماء، لأجل أن يُعطِي الحياة. على أن ما جاء في النقش من بيان مثل: «الذي بنى المعبد … ونحت تماثيلهم وما كان مقامًا باللبِن أُقيم ثانية بالحجر.» يدل دلالة صريحة على أن هذا المبعد كان قد أُقيم على أنقاض معبد آخر من عهد الدولة الوسطى. ولا نزاع في أن الجزء الذي أقامه «أمنحتب الثالث» في هذا المعبد الضخم، وهو الجزء الجنوبي، يمتاز بجمال الفن ودقة التنسيق، تلحظهما لأول وهلة عين المفتنِّ عندما نَقْرِنه بالمباني الأخرى التي أُقيمت في العهود التي تَلَتْ عصرَه، وهي التي تنقصها تلك المسحة الفنية الراقية والتناسُب الجميل الذي يمتاز به معبد «أمنحتب «.