تعرضت الدولة العثمانية منذ نهاية القرن السادس عشر وبداية القرن السابع عشر الى كثير من الازمات التي ادت الى تدهور وضعف سيطرتها على المناطق الخاضعة لها، وانعكس هذا الامر على المناطق العراقية ايضا، فازدادت الانتفاضات العشائرية، وتدهورت سلطة الولاة العثمانيين هناك، فدخلت العلاقات العثمانية مع تلك المناطق مرحلة جديدة لاسيما في البصرة، ذلك لان ضعف سلطة الولاة العثمانيين في البصرة قد ادت الى عجزهم عن السيطرة التامة داخل المدينة وخارجها، وفشلهم في درء الاخطار الخارجية التي تعرضت لها وكان حصيلة ذلك كله انحسار النفوذ العثماني عن المنطقة وقيام حكومة محلية في البصرة، ففي عام 1596 اشتري افراسياب البصرة لقاء ثمن بخس ثمانية أكياس رومية (يساوي الكيس الواحد ثلاثة الاف محمدي) على أن لا يقطع الخطبة عن السلطان العثماني، وان يدفع الضريبة السنوية للخزينة العثمانية، ويظهر أن افراسياب كان في وضع اقتصادي مرموق، فاستغل سوء الأوضاع الاقتصادية في البصرة فاقدم على شراء باشوتيها من علي باشا الذي شنق ساعة وصوله إلى الباب العالي. وقد استطاع افراسياب أن يكون اسرة مستقلة بالفعل في البصرة عن الدولة العثمانية، غير أن صلته لم تنقطع عن الباب العالي إذ كان يصرح في رسائله إلى اسطنبول بولائه للسلطان العثماني الذي كان عليه أن يرد على هذه الرسائل بأسلوب ينم عن تقديره لافراسياب. لقد ازدهرت التجارة في عهد افراسياب وفتحت ميناء البصرة للتجارة الاوربية، وفي عام 1623 طلب الشام عباس من افراسياب اعلان تبعيته له وسك النقود باسمه، وذكر اسمه في الخطبة وان يتخذ الازياء الإيرانية ويكون مقابل ذلك واليا على البصرة ولا يقدم شيئا من الضريبة، وله كل ما اراد من صلاحيات محلية، ولكن افراسياب رفض ذلك بشدة، وأعلن تمسكه بالبصرة. لقد كان الشاه مصرا على السيطرة على البصرة لأسباب اقتصادية جوهرية لان البرتغاليين الذين اخرجوا من هرمز عام 1622 نقلوا نشاطهم التجاري إلى البصرة وتحكموا في تجارة القطيف والاحساء فلم يكن طردهم من هرمز في نظر الشاه كافيا، لكي تتركز التجارة الخارجية بيد الايرانيين، ثم أنهم كانوا يفتقرون إلى اسطول بحري يستطيع التحكم في مياه الخليج العربي، فرأوا أن الحصار البري عمل مجد للقضاء على النفوذ البرتغالي في البصرة، لهذا السبب امر الشاه عباس امام قلي خان حاكم شيراز بالتوجه إلى البصرة: لمعالجة الاوضاع غير الاعتيادية فيها والتي ادت إلى توقف حركة بندر عباس التجارية"، وكان ذلك في عام 1624 غير أن امام قلي خان فشل في السيطرة على البصرة، لان السفن البرتغالية بدأت تطلق النيران على الجيش الفارسي الذي كان يفتقر إلى مثل هذه السفن. لذا قرر إمام قلي خان الهجوم على البصرة مرة ثانية في اذار عام 1625 فزحف أولاً على الحويزة التي هرب حاكمها إلى البصرة مع قواته البالغة خمسين رجلا. لقد كان على حاكم البصرة علي باشا افراسياب الذي أعقب والده عام 1623م، أن يواجه هذا الخطر بمفرده خاصة وان القوات الايرانية كانت تسيطر على بغداد والحلة وكربلاء، فمن الصعوبة على الدولة العثمانية أن تمديد المساعدة له، ثم انها منهمكة بمشاكلها الداخلية. لذا فقد طلب علي باشا أن يقدم كل بيت رجلا مسلحا لمواجهة الهجوم الصفوي وبالفعل استطاع أن يعبئ البصريون تعبئة كاملة للدفاع عن مدينتهم فقد نجح علي باشا افراسياب في منع الصفويين من العبور إلى الساحل الغربي من شط العرب، بعد أن ثبت بقواته التي كانت تضم قبائل عربية يزيد عددها على سبعمائة شخص مسلح ، ثم جرت مصادمات عنيفة بين الطرفين يوم 16 آذار 1625م اشتركت فيها السفن البرتغالية الموجودة في البصرة باعتبار أن الصفويين عدو مشترك للطرفين، غير أن القوات الصفوية انسحبت فجأة في 23 آذار بناء على اوامر مستعجلة من الشاه. لقد كان الرحالة الهولندي بترو دي لا فالا في البصرة في هذه الفترة، ويذكر انه لم يكن هناك أي خطر حقيقي على البصرة نفسها لان الخنادق والحفر المنتشرة حولها كانت مملوءة بالماء ولا يتوقع أن ينحسر عنها قبل مدة ثلاثة اشهر تقريبا، ثم يذكر أن علي باشا رجع إلى البصرة في 3 نيسان 1625، ويبدو أن سبب بقاء علي باشا خارج المدينة راجع إلى خوفه من أن يكون هذا الانسحاب الفجائي خدعة عسكرية من قبل الصفويين لكي يقوموا بهجوم مباغت على البصرة مرة اخرى. لقد اخذت الدولة العثمانية تفكر بشكل جاد بالقضاء على امارة افراسياب لاسيما بعد وصول السلطان القوي مراد الرابع لعرش السلطنة الذي كان عازما وضع حد لهذه الاسرة التي اصبحت لها مكانة ممتازة في البصرة، كما انها لم تشارك في حملة السلطان مراد الرابع وقيل إن مراد كان عازما على القضاء على هذه الاسرة اثناء حملته الشهيرة على بغداد غير أن هطول امطار كثيرة هي التي انقذت البصرة من جيوش مراد الرابع. ثم حاولت الدولة العثمانية عام 1640 القضاء على اسرة افراسياب عندما قدم سكان العرجة عريضة إلى والي بغداد درويش يطلبون فيها الانضمام إلى باشوية بغداد بدلا من البقاء تحت حكم علي باشا افراسياب فأرسل درويش محمد ثلة من جيشه نجحت في ضم العرجة لدائرة نفوذ باشا بغداد. وفي عام 1645 بدأ علي باشا افراسياب بالتحرش بحدود ولاية بغداد، إذ سيطر على قلعة الزكية الواقعة على الحدود، فبعث موسى باشا الصغير والي بغداد حملة عسكرية سيطرت على القلعة المذكورة واستولت على بعض القرى التابعة للبصرة. إن قيام علي باشا افراسياب بالتحرش بحدود ولاية بغداد فضلا عن تحسن علاقته مع الدولة الصفوية، كانت تزعج الدولة العثمانية، التي اخذت تتحين الفرص لإزالة هذه الاسرة من الوجود، وقد وجدت تلك الفرصة عندما انفجر الصراع في اسرة افراسياب عام 1653، أما سبب هذا الصراع، فالمصادر العثمانية تشير إلى رغبة حسين باشا في التوسع على حساب الاراضي المجاورة ومحاولته في ضم الاحساء تحت حكمه، غير أن هذه الرغبة، كانت تلقى معارضة شديدة من قبل عميه احمد بيك وفتحي بيك المدعومين من قبل العشائرية العربية وقد استعمل حسين افراسياب خطة بارعة للتخلص من مشاكلهم إذ دعاهم إلى الاجتماع لغرض تلافي ما حصل، وما أن اجتمعا به حتى القى عليهما القبض ونفاهما الهند، غير أنهما استطاعا الافلات من ايدي الحراس والالتجاء إلى حاكم الاحساء محمد باشا، ومن هناك كتبا إلى مرتضى باشا والي بغداد يخبراه بما فعله بهما حسين باشا افراسياب، فاسرع هذا واخبر الباب العالي الذي اصدر فرمانا بتعيين مرتضى باشا قائدا للحملة الموجهة إلى البصرة. أرسل مرتضي باشا قبل تحركه تتخذاه رمضان اغا على راس حملة صغيرة كفرقة استطلاعية ثم تبعه هو حتى وصل إلى العرجة، ومنها إلى البصرة، فدخلها دون أية مقاومة لان حسين باشا افراسياب حاول أن يشكل جيشا دفاعيا من الاهليين، غير انه فشل في ذلك، فاضطر الهرب إلى بهبهان دخل مرتضي باشا البصرة واستقبل استقبالا رائعا من قبل الاهالي والاعيان والاشراف الذين قدموا ولاءهم له وأصبح احمد بك حاكما على البصرة. وقد بدأ مرتضى باشا أولاً بمصادرة اموال حسين باشا واموال ابيه علي باشا واولادهما واحفادهما واودعهما في مكان يقال له (قبان)، وقد دفعه الجشع إلى قتل احمد بيك وفتحي بيك ومصادرة اموالهما عندما انتشر نبأ اغتيال احمد بك وفتحي بك، هبت العشائر التي كانت تساندهما تهاجم قوات الباشا التي لم تصمد امام هذه الهجمات، التي اتخذت طابع حرب العصابات إذ كانوا يفاجئون هذه القوات ليلا ويلحقون بها خسائر فادحة، متخذين من الاهوار مراكز لانطلاقهم، مما ادى الى انسحاب القوات العثمانية، ويظهر لنا هذا، مدى تعلق سكان البصرة والعشائر بأحمد بك وفتحي بك، وحبهم لهما. بعد انسحاب مرتضى باشا من البصرة رجع حسين باشا لحكم البصرة من غير ذكر لأية مقاومة ضده من قبل الاهالي وذلك لسوء سياسة مرتضى باشا، ولم يكن من المتوقع أن حسين افراسياب والي الاحساء محمد باشا دون عقاب والذي كان له دور كبير في تحريض عميه احمد بك وفتحي بك في الخروج عليه ، ففي سنة 1664م استطاع أن يستميل براك رئيس عشيرة بني خالد إلى جانبه واتفق معه على طرد محمد باشا والي الاحساء، لقد استطاع براك أن يسيطر على الاحساء بفضل المساعدة التي تلقاها من حسين افراسياب الذي ارسل جيشا بقيادة امير سلمان، غير أن براك بعد طرده محمد باشا تمرد علي حسين افراسياب ورفض تبعيته له، فقاد حسين باشا افراسياب حملة عسكرية على الاحساء وضمها إلى امارته. اتخذت الدولة العثمانية من تجاوزات حسين افراسياب على الاحساء حجة لتجريد حملة ثانية على امارة افراسياب. أصدر الباب العالي الفرمانات إلى ولاة ديار بكر ابراهيم باشا والرقة صاري محمد باشا ووالي شهرزور كنعان باشا يأمرهم فيها بالانضمام إلى الحملة التي سيقودها ابراهيم باشا الطويل ضد امارة الفراسيان عام 1665. وقد بلغ عدد افراد الحملة خمسين ألف مقاتل اضافة إلى عدد من بيكات الاكراد الذين جاءوا بقواتهم غير النظامية، وقبل تحرك الحملة كتب ابراهيم باشا كتابا إلى حسين باشا افراسياب يطلب فيه الانقياد والطاعة له غير أن حسين باشا رفض ذلك بكل اصرار واتخذ الاستعدادات اللازمة للدفاع عن مدينته بعد أن أرسل عياله وامواله إلى ايران وتحصن في قلعة القرنة القوية. تحركت الحملة من بغداد وعيون ابراهيم باشا ترنو إلى الطريق منتظرة وصول خبر استسلام حسين باشا الفراسيان، ولكن هذا الشيء لم يحصل، حتى وصل بالقرب من البصرة وخيم في محل يسمى المنصورية، وقد جرت هناك مناوشات بين القوات العثمانية واتباع حسين افراسياب الذين صمدوا امام هجمات الجيش العثماني الذي كان يحارب في ارض وعرة ذات شعاب كثيرة ووعرة المسالك، يصعب على جيش غير معتاد على القتال في مثل هذه المناطق أن يحرز انتصارا حاسما. لقد وسع حسين افراسياب دائرة تحركه العسكري، وبدأ يشن هجمات مباغتة على مناطق مختلفة من البصرة، ولم تسلم من هذه الهجمات السفن التجارية التي كانت راسية في شط العرب والتي كانت تقع غنيمة بيد اتباع حسين باشا افراسياب الذين كانوا يعانون من قلة الارزاق. إن هجمات اتباع حسين باشا افراسياب على السفن التجارية، قد شلت الحياة الاقتصادية داخل البصرة التي اصبحت مسرحا للفوضى والاضطراب بسبب عدم وجود حاكم يدير، امرها، فاجتمع الاهلون وكتبوا إلى قائد الجيش العثماني يطلبون فيه إرسال من ينوب عنه في حكم البصرة، فأرسل صولاق حسين، الذي ما أن دخل البصرة حتى وجد نفسه في مأزق خطير إذ حدث انقسام حاد بين التجار والاهالي حول دعوة صولاق حسين إلى حكم المدينة، فضلا عن اتصال محمد بن بداق أحد المعارضين لتسليم البصرة الى العثمانيين بحسين. باشا افراسياب طالبا معونة عسكرية لقيادة حركة مضادة داخل البصرة فوعده حسين باشا افراسياب بذلك، وبدأ محمد بن بداق بجمع اتباعه القليلين، غير أن حركته أفشلت بعد ساعات قلائل من قبل التجار والشيوخ المعارضين لحكم اسرة، افراسياب الذين فتكوا بمحمد بن بداق واتباعه وسيطروا على شوارع البصرة، غير أن هؤلاء الذين استمتعوا بنشوة النصر كانوا قد تركوا ابواب البصرة مفتوحة على مصارعيها، مما فسح المجال امام اتباع حسين باشا القيام بهجوم على مداخل المدينة وقتل كل من يصادفهم ونهب ما يحتاجونه من أموال. في هذه الفترة كان حسين افراسياب قد تلقى مساعدة من الحويزة، كما انضم اليه عدد من شيوخ العرب الناقمين على حكم العثماني خاصة شيوخ عشائر المنتفك التي كانت تسيطر على ضفتي الفرات حتى القرنة والجزء الاكبر من البطائح ، لم يستطع الجيش العثماني خلال ثلاثة اشهر أن يحقق أي نصر على حسين باشا افراسياب الذي تحول من موقف الدفاع إلى موقف الهجوم خاصة بعد أن أحكم سيطرته على الخطوط الحربية للجيش العثماني المحاصر الذي اصبح هو الآخر محاصرا حصارا نصفيا من قبل العشائر العربية المنتشرة في الاهوار ذات المتاهات والشعاب الكثيرة. لقد مل الجيش العثماني هذا الوضع المزري وانحل الضبط العسكري لدى افراده وهبطت الروح المعنوية إلى درجة أن اقدم ابراهيم باشا والي ديار بكر على فتح باب المفاوضات مع حسين باشا افراسياب دون علم قائد الجيش العثماني، فاتفق الطرفان على شروط بسيطة، مفادها أن تبقى حكومة البصرة بيد الاسرة نفسها، على أن تنقل من حسين إلى ابنه افراسياب وان يذهب حسين باشا نفسه إلى مكة، وان يرفع إلى السلطان اعتذارا رسميا عما صدر منه ، وان يعود محمد باشا إلى حكم الاحساء، وترجع الغنائم إلى السكان، وتدفع الجراية السنوية المترتبة بذمته في الحال إلى الخزينة العثمانية. بدأت القوات العثمانية بالانسحاب متوجهة نحو بغداد بعد أن تكبدت خسائر فادحة، أما حسين باشا افراسياب فقد أرسل يحيى اغا إلى الباب العالي وهو يحمل اعتذاره عما بدا منه من تصرفات تجاه السلطان، عندما وصل يحيى إلى العاصمة التقى هناك بوفد بصري من اسرة الكواوزة، يضم احمد بن محمود وابراهيم بن علي واشخاصا اخرين وحصل تواطؤ بين يحيى اغا والوفد البصري على خلع حسين باشا، فعرضوا الامر على السلطان العثماني الذي وافق على خلع حسين باشا افراسياب وتعيين يحيي اغا حاكما على البصرة.  أصدر الباب العالي امرا إلى الوزير قرة مصطفى باشا والي بغداد، لقيادة حملة عسكرية على البصرة 1667، كما امر ولاة ديار بكر ابراهيم باشا ومحافظ شهرزور كنعان باشا و مير ميران الموصل موسى باشا ودلاور باشا أمير الرقة بالالتحاق بقواتهم النظامية بالحملة المذكورة. لقد أدرك قره مصطفى باشا الاخطاء التي وقع بها ابراهيم باشا، فعمل على تلافيها إذ جهز الحملة بمدافع ضخمة التي كان تأثيرها كبيرا على قوات حسين باشا افراسياب. وقد ترك قره مصطفى باشا بعد أن ارسل مدافعه الثقيلة عن طريق نهر دجلة إلى البصرة - بغداد في 24 تشرين الثاني 1667 ، فمر بالإسكندرية ثم كربلاء حيث زار قبر الامام الحسين (ع) ثم توجه إلى الحلة ومنها إلى النجف الاشرف حيث زار قبر الامام علي (ع) ثم الرماحية ومنها إلى العرجة حيث عقد هناك اجتماعا حربيا، وبعد مناقشات طويلة استقر الرأي على القيام بهجوم عام ومن جميع الجهات على اتباع حسين باشا افراسياب و بعدها توجه قره مصطفى باشا إلى (كوت معمر)، وهناك جرت مناوشات طفيفة بين الجيش الزاحف والشيخ عثمان رئيس عشائر المنتفك التي تشتت شملها خلال ساعات قلائل، ثم واصلت الحملة زحفها حتى وصلت إلى المنصورية، وهناك عقد اجتماع اخر تقرر فيه أن يقود دلاور باشا حاكم الرقة الجناح الأيمن أما حاكم الموصل وقائد قواد الانكشارية فعليهم تأمين عبور الجيش إلى الجانب الآخر من شط العرب. بدأ الجيش العثماني يدك قلعة القرنة الحصينة بوابل من قذائف المدافع التي كانت تحصد اتباع حسين باشا افراسياب حصدا وتلقي الرعب في قلوبهم، ووفق الخطة المرسوم قاد دلاور باشا قائد الجناح الايمن هجوما مباشرا على مواقع اتباع حسين باشا افراسياب والحق بهم خسائر فادحة وغرق كثير منهم عند محاولتهم العبور إلى الجانب الآخر من شط الزكية. أصبح حسين باشا افراسياب امام الامر الواقع، عندما اقتربت القوات العثمانية من مقره، فلم يجد من وسيلة غير اللجوء إلى الحويزة، وقد قدر له أن لا يعود إلى البصرة مرة اخرى هكذا زالت هذه الامارة من الوجود، فأصبحت البصرة تحت السيطرة العثمانية المباشرة، وعين يحيى باشا حاكما عليها، ورابطت فيها حامية عثمانية قدرت بألف وخمسمائة إنكشاري اضافة إلى ثلاثة الاف من القوات المحلية. لعبت امارة افراسياب دورا مهما في الاحداث السياسية المحلية، واصبحت لفترة طويلة مصدر ازعاج وقلق للدولة العثمانية التي كانت عليها أن تتعامل مع هذه الامارة بأسلوب مرن بسبب موقعها الجغرافي القريب من الدولة الصفوية، ويجب أن لا ننسى أن هذه الامارة تدين في بقائها هذه المدة إلى بعدها عن الدولة العثمانية أولاً وانهماك الدولة العثمانية بحروبها مع الدول الاوربية والدولة الصفوية ثانيا، ثم أن طبيعة المنطقة كانت عاملا امع اخر اطال من عمرها، فكثرة الاهوار والمستنقعات كانت تعرقل نشاط الجيوش العثمانية عند زحفها نحو البصرة، كما أن هذه الامارة قد استفادت من المنافسة التجارية بين الشركات العاملة في البصرة والتي كانت تفضل التعاون مع اسرة محلية تتساهل في القضايا الجمركية بدلا من التوجه إلى الدولة العثمانية.