وإذا أردنا التأريخ للدراسة العلمية للدين عند المسلمين لا بد من الرجوع إلى القرآن الكريم الذي أرسى قواعد الدراسة العلمية للدين، وأعطاها فلسفتها النظرية. ومن أهم أسس هذه الفلسفة الأساس المعرفي الذي يدعو إلى ضرورة طلب العلم والمعرفة. وقد اشتمل القرآن الكريم على مادة كثيرة خاصة بأديان العالم السابقة على ظهور الإسلام. والأكثر من ذلك أن القرآن الكريم أعطانا أول تصنيف وتقسيم الأديان العالم استناداً إلى الوحي، واستخدم مصطلح " أهل الكتاب “، ليفرق بين ثلاثة أصناف من الأديان: أديان لها كتب مقدسة، وأديان لها شبه كتاب، وأديان لا تملك كتبا مقدسة. وبالإضافة إلى هذا أعطى القرآن الكريم نظرية متكاملة في الدين تقوم على فكرة دين الفطرة واعتبر التجربة الدينية جزءا لا يتجزأ من الطبيعة الإنسانية، وربط بين هذا التفكير الديني الفطري في الإنسان وبين العقل، وجعل الأخير وسيلة الإنسان للوصول إلى الحقائق الدينية، وأعطى فكرة عن كيفية وصول الإنسان إلى عقيدة التوحيد عن طريق التأمل في الطبيعة والكون، ويفرق القرآن الكريم أيضا بين الديانات الطبيعية والديانات التوحيدية. ومن الأسس الأخرى التي يعطيها القرآن الكريم في مجال دراسة الأديان ذلك الأساس المنهجي الذي يدعو الإنسان إلى التعرف على الأديان عن طريق الحوار الديني. وقد ارتبط هذا الأساس في البداية بعملية تبليغ رسالة الإسلام إلى العالم. ولكنه أصبح فيما بعد وسيلة منهجية تخدم الدراسة العلمية للدين، فمن المشاكل الهامة التي يواجهها مؤرخ الأديان كيفية الحصول على المعلومات الخاصة بالدين الذي يدرسه. ولا شك أن الكتب المقدسة الخاصة بالأديان هي مصادرها الأولى. ولكن هذه المصادر تشتمل على الكثير الذي قد لا يفهمه مؤرخ الأديان. ومن هنا فهو في حاجة إلى من يفسر له هذه المعلومات من أهل هذه الأديان. وقد لجأ مؤرخو الأديان المسلمون إلى الحوار كوسيلة منهجية لجمع المادة العلمية الصحيحة، وكوسيلة تفسيرية لما لديهم من معلومات جمعوها من المصادر المختلفة لهذه الأديان. وهنا يلجأ المؤرخ إلى الحوار كوسيلة لشرح وتفسير المفاهيم والظواهر الدينية المختلفة. وإلى جانب هذه الفوائد المنهجية للحوار الديني فإن القرآن الكريم قد جعله أساساً للتقريب بين الأديان على أساس من الاحترام والتعاطف المتبادل مع أصحاب الديانات الأخرى كما يتمثل في الآيات: «وجادلهم بالتي هي أحسن» (12) «قل يا أهل الكتاب تعالوا إلى كلمة سواء، (13) وادع إلى سبيل ربك بالحكمة والموعظة الحسنة، (14) فهذه كلها ترسم السلوك الذي يجب أن يتبعه المشترك في حوار ديني مع أهل الأديان يقوم على الحجة العقلية والإقناع. وقد استخدم علماء تاريخ الأديان المسلمين وسيلة الحوار أحسن استتخدام فجمعوا عن طريقها بعض مادتهم العلمية، وفهموا عن طريق المناقشة والحوار ما صعب عليهم فهمه، وتعرفوا على الأديان بطريقة مباشرة من أصحابها قبل تدوين ما جمعوه. وإذا تعذر هذا السبيل ولم تكن المناقشة متوفرة نظراً لعدم وجود من يدين بالديانة التي يرغبون في دراستها اضطر مؤرخ الأديان المسلم إلى السفر والترحال إلى البلاد صاحبة هذه الأديان لكي يدخل في حوار مع أهلها، ويعيش حياتهم، ويتعرف على عاداتهم وتقاليدهم الدينية، ويفعل ما يفعله عالم الأنثروبولوجيا في عصرنا الحالي من تطبيق مبدأ Going Native في محاولة للمعرفة المباشرة بأحوال من يريد دراسة أسلوب حياتهم من شعوب العالم.