- بالرغم من المزايا العديدة للانترنت، فإن هنالك العديد من المحاذير، عند تقييم مصداقية المعلومات التي يتم الحصول عليها من الانترنت لضمان القيام بتغطية صحفية موضوعية حيث إن المعلومات على الانترنت يمكن أن تضلل فمن الصعب التأكد من دقتها ومعرفة مصدرها، كما يمكن استغلال الصحف الإلكترونية ي تقديم الادعاءات الملفقة والمعلومات الزائفة والاكتفاء بها بديلا عن المصادر الأساسية، وكذلك يمكن أن يختلط بها الحقائق بالإعلانات والدعاية.

- قضية التشريعات الصحفية التي تحكم العمل في الصحافة الإلكترونية مازالت غير واضحة فلم يحدد بعد هل ستظل تخضع لنفس التشريعات والأحكام والتوجيهات المحلية أم أن اتساع ساحة النشر والتوزيع الإلكتروني تحتم إيجاد تشريعات وتوجيهات أخرى تناسب طبيعة العمل في الصحافة الإلكترونية.

- إدخال النص باللغة العربية والتعامل معه كنص هي أبرز مشكلات إعداد صحف إلكترونية باللغة العربية على شبكة الانترنت فبالرغم من وجود برامج لتعريب الانترنت إلا أنها غير متوفرة لدى عدد كبير من مستخدمي الانترنت في الوطن كما أن المغتربين العرب من مستخدمي الانترنت في دول العالم المختلفة قد لا يتوفر لديهم برنامج النوافذ في نسخته العربية فلا تستطيع أجهزة الكمبيوتر في هذه الحالة التعرف على الحروف العربية، وهو الأمر الذي دعا بعض الصحف الإلكترونية إلى إدخال النص كصورة لتضمن إمكانية قراءته في مختلف الظروف. الأمر الذي يتطلب إنشاء مواقع عديدة جديرة بالزيارة تستخدم اللغة العربية، وذلك لإيجاد جدوى اقتصادية لتطوير برامج متوافقة مع اللغة العربية، وجذب أكبر عدد من الجمهور لتصفح هذه المواقع.

- ضعف عائد السوق (القراء والمعلنين)، فهناك فرق في التكلفة التي يتحملها قارئ الصحيفة الإلكترونية في مقابل شراء النسخة المطبوعة، إلى جانب قله إقبال المعلنين على شراء مساحات إعلانية للإعلان عن شركاتهم ومنتجاتهم، حيث أن جمهور الصحف الإلكترونية مازال لا يضاهي وسائل الإعلام الأخرى.

- عدم وجود صحفيين مؤهلين لإدارة وتحرير الصحف الإلكترونية، حيث يتصور البعض خطأ أن الفرق بين الصحفي الإلكتروني وغيره هو سطح القراءة، فهناك فوارق أخرى فالنص الإلكتروني مفتوح ومن الممكن أن يمتد ليضفي معلومات تاريخية وعلمية ويخدم الحدث عبر كل فروع المعرفة وفق رؤية الصحفي، فهو نص نشيط ومتفاعل طوال الوقت، أما المطبوع فمغلق ينتهي بنهاية آخر كلمة في التقرير، كما أن النص الإلكتروني يدعم بمواد بصرية وسمعية، بل من الممكن مثلا استخدام برنامج «غوغل إيرث» لتدعيم تقرير عن مكان معين فيراه القارئ أمامه رؤية العين».

- ويرى محمود خليل أن تكوين الصحفي الإلكتروني يتطلب القفز على المفهوم التقليدي للصحفي صاحب القلم حيث لا تقتصر التغيرات التي ستدخلها الصحافة الإلكترونية على ما سبق، وأن المفهوم الجديد للصحفي الإلكتروني Editor Online يتطلب مهارات عديدة منها القدرة على التصوير بكاميرا الفيديو والتصوير الرقمي وكذلك الإلمام بتصور جديد لكتابة القصة الإخبارية أو التحقيق، مع إضافة تلك العناصر لإثراء النص بشكل مميز. فستمتد أيضا إلى أسلوب العرض وشكل النص الإلكتروني فكما ساعدت ثورة المعلومات الصحافة المطبوعة على التغيير في أسلوب الكتابة، وطريقة السرد، فلجأت إلى استخدام أساليب متنوعة لتغطية الحدث لتضمن الاختلاف والتميز عن الصحف الأخرى، وتتغلب على مشكلة السرعة التي تسبقها فيها وكالات الأنباء والمواقع الإلكترونية، ستختلف النصوص الإلكترونية هي الأخرى نتيجة لثرائها واعتمادها على عناصر إضافية تتيح لها التميز بشكل أوسع. ولكي يكون الصحفي إلكترونيا ومتوافقا مع هذا التطور لا بد أن يكتسب مفهوم التحرير غير الخطي، أي يراعي التغيرات الجديدة التي دخلت على طرق صياغة القصص الخبرية مثل اختيار الوصلات الفائقة المناسبة لخدمة النص والقدرة على التعامل مع الوسائط الأخرى كالفيديو والتصوير الرقمي والصوت، كما سيتحول المخرج الصحفي إلى ما يشبه المخرج السينمائي، لأن النص الصحفي نفسه بات أقرب إلى النص السينمائي تتداخل فيه مواد عديدة صوتية وبصرية.

- ومن وجهة أخرى فإن التغيير الإلكتروني سيمتد في المستقبل القريب ليشمل أخلاقيات العمل الصحفي، ومراجعة مفاهيم ظلت لسنوات مقدسة في مواثيق الشرف الصحفي كالخصوصية، وما يعرف بالخطوط الحمراء السياسية، إضافة لاختفاء الكتلة البيروقراطية التي تدير الصحيفة وتغير اقتصاديات الصحف وارتفاع المصداقية بفعل تعدد الدلائل على صحة المعروض.

- المنافسة الشرسة من مصادر الإخبار والمعلومات العربية الدولية والأجنبية التي أصدرت لها طبعات إلكترونية منافسة للغة العربية.

- قلة وجود إمكانيات الاتصال بشبكة الانترنت بطريقة سهلة ورخيصة لذلك يجب على الدول العربية زيادة كفاءة خطوط التليفون والعمل على خفض قيمة المكالمات التليفونية التي تتم في وقت متأخر ليلا وهو الوقت الذي يستغله العديد من الأفراد للاتصال بالشبكة، فهذا الأمر يعد تحديدا حضاريا ينبغي على الأقطار العربية أن تواجهه حتى تحتل اللغة العربية كلغة بحث على شبكة الانترنت.

- عدم وضوح مستقبل الصحف الإلكترونية على شبكة الانترنت في ظل عدم وجود قاعدة جماهيرية واسعة، فهناك فرق بين مدى إقبال الجمهور على قراءة الصحف الإلكترونية في مقابل الصحف الورقية المطبوعة.

- إن الملاحة (الإبحار) Navigation عبر الإنترنت يمكن أن تستهلك وقتا كبيراً بلا جدوى، بدون معرفة وقت ومكان التوقف عن البحث، فالبحث عن المعلومات يجب يقتضي تطوير المهارات البحثية لدى الصحفيين، فضلا عن أنها لا تقوم بدور المقيم لأهمية المعلومة ولا تقرر ما إذا كانت ذات مصداقية أم لا، أو ما إذا كانت أن ، تدرج ضمن المادة الصحفية أم لا، وتلك مهام تتم من قبل صحفيين مدربين فضلا عن أن المعلومات على الإنترنت غير منظمة بشكل يسير، والتعامل يقتضى إجراء فحص مزدوج للمعلومات ولرسائل البريد الإلكتروني للتأكد من أنها جاءت ممن أرسلها ومدى أهليتهم وجدارتهم الصحفية، كما يصعب التميز بين الصحفيين المحترفين وغيرهم من الدخلاء على المهنة، فكما تساعد الإنترنت ي تنشيط ذاكرة الصحفي وتعميق تخصصه فإنها تضيف إلى كاهله مسئوليات جديدة تتمثل في الفحص والتدقيق وحسن الاختيار للتغلب على إشكاليات التلاعب والتحايل والتحريف.