المرجع الالكتروني للمعلوماتية
المرجع الألكتروني للمعلوماتية

علم الاحياء
عدد المواضيع في هذا القسم 10456 موضوعاً
النبات
الحيوان
الأحياء المجهرية
علم الأمراض
التقانة الإحيائية
التقنية الحياتية النانوية
علم الأجنة
الأحياء الجزيئي
علم وظائف الأعضاء
المضادات الحيوية

Untitled Document
أبحث عن شيء أخر
النقل البحري
2024-11-06
النظام الإقليمي العربي
2024-11-06
تربية الماشية في جمهورية كوريا الشعبية الديمقراطية
2024-11-06
تقييم الموارد المائية في الوطن العربي
2024-11-06
تقسيم الامطار في الوطن العربي
2024-11-06
تربية الماشية في الهند
2024-11-06

Division Lemma
2-11-2019
الجوانب الاقتصادية في انتاج محاصيل العلف الاخضر
27-11-2016
ساكسيفراجا Saxifraga stolonifera
29-12-2020
ما هي مجالات تأثير وسائل الإعلام ؟- التغيير المعرفي
9-1-2022
Nonaromatic rings
22-9-2020
ملاحظة العالم أبو الفداء الحموي لظاهرة المد والجزر
2023-07-08

Visualisation of Real-time PCR Amplification  
  
2108   02:49 صباحاً   date: 10-11-2020
Author : John M Walker and Ralph Rapley
Book or Source : Molecular Biology and Biotechnology 5th Edition
Page and Part :

Visualisation of Real-time PCR Amplification


The critical difference between conventional and real-time PCR is that in the latter the generation of amplification products is monitored directly in the reaction tube. Different fluorescence-based principles are employed for real-time detection. SYBR Green represents one class of DNA binding chemicals that emits much more fluorescence when intercalated into double-stranded DNA compared with the unbound chemical in solution (Figure 1). As a result, the SYBR Green fluorescence increases proportionally to the increase in DNA amplification products. The disadvantage of using SYBR Green is that non-specifically amplified DNA and amplification artefacts such as primer dimers will also generate increased fluorescence, thus reducing the sensitivity compared with nested PCR. Real-time PCR assays utilising an amplicon- specific probe increase the specificity substantially. A number of ‘smart’ assays have been invented based on three oligonucleotides,i.e. two primers and a probe. Several of these assays include TaqMan assays (Figure .2), fluorescence resonance energy transfer (FRET) (Figure .3) assays, Eclipse probes, Scorpion probes and molecular beacon probes.

Figure 1 The SYBR Green molecule has high affinity to double-stranded DNA. SYBR Green fluorescence is much stronger when it is bound to DNA compared with unbound SYBR Green. ss-DNA=single-stranded DNA; ds-DNA=double-stranded DNA.

Figure 2 The principle of TaqMan real-time PCR assays. The probe is labelled with both a fluorescent chemical group (R) and a quencher (Q). When the Taq polymerase elongates the complementary strand from the primer, its 5´–3´ exonuclease activity cleaves any annealed probe, thus separating R from Q. Freed from its quencher, the R fluoresces when exciting light is sent in. The amount of free R, and thus fluorescence, increase exponentially along with amplicons until the PCR reaction approaches the plateau stage.

Figure 3 The principle of fluorescence resonance energy transfer (FRET). Two different probes are complementary to the target sequence. One probe is labelled with fluorescein and the other with LC Red fluorochrome. The hybridisation to the target sequence will bring the two fluorochromes physically close enough for the emission energy of fluorescein to excite the LC Red so that red fluorescent light is emitted. When PCR generates an increasing concentration of target, an increasing fraction of the probes can be positioned to achieve FRET. This can be monitored as increasing red fluorescence.




علم الأحياء المجهرية هو العلم الذي يختص بدراسة الأحياء الدقيقة من حيث الحجم والتي لا يمكن مشاهدتها بالعين المجرَّدة. اذ يتعامل مع الأشكال المجهرية من حيث طرق تكاثرها، ووظائف أجزائها ومكوناتها المختلفة، دورها في الطبيعة، والعلاقة المفيدة أو الضارة مع الكائنات الحية - ومنها الإنسان بشكل خاص - كما يدرس استعمالات هذه الكائنات في الصناعة والعلم. وتنقسم هذه الكائنات الدقيقة إلى: بكتيريا وفيروسات وفطريات وطفيليات.



يقوم علم الأحياء الجزيئي بدراسة الأحياء على المستوى الجزيئي، لذلك فهو يتداخل مع كلا من علم الأحياء والكيمياء وبشكل خاص مع علم الكيمياء الحيوية وعلم الوراثة في عدة مناطق وتخصصات. يهتم علم الاحياء الجزيئي بدراسة مختلف العلاقات المتبادلة بين كافة الأنظمة الخلوية وبخاصة العلاقات بين الدنا (DNA) والرنا (RNA) وعملية تصنيع البروتينات إضافة إلى آليات تنظيم هذه العملية وكافة العمليات الحيوية.



علم الوراثة هو أحد فروع علوم الحياة الحديثة الذي يبحث في أسباب التشابه والاختلاف في صفات الأجيال المتعاقبة من الأفراد التي ترتبط فيما بينها بصلة عضوية معينة كما يبحث فيما يؤدي اليه تلك الأسباب من نتائج مع إعطاء تفسير للمسببات ونتائجها. وعلى هذا الأساس فإن دراسة هذا العلم تتطلب الماماً واسعاً وقاعدة راسخة عميقة في شتى مجالات علوم الحياة كعلم الخلية وعلم الهيأة وعلم الأجنة وعلم البيئة والتصنيف والزراعة والطب وعلم البكتريا.