يحدث النضج الفيزيولوجي في الصويا عند اكتمال تراكم المادة الجافة في البذور. وإن اختفاء اللون الأخضر من كل القرون دليل على وصول النباتات إلى مرحلة النضج الفيزيولوجي، وتتراوح رطوبة البذور عند هذه المرحلة بين 40–60%.

ويمكن أن يساعد استعمال مسقطات الأوراق الكيميائية Chemical dessicants في تسريع عملية النضج والتبكير في الحصاد، وعادة ما يكون الفاقد في الغلة من جراء ذلك أقل بكثير من الفقد نتيجة الانفراط (Saraswathi وزملاؤه، 1995). ومن أهم المركبات الكيميائية التي تستعمل باعتبارها مسقطات أوراق مركب كلورات المغنزيوم ₂(Mg (ClO₃ ، ونترات الأمونيوم NH₄NO₃ ومركب Dipyridyl phosphate. ووجد أن إسقاط الأوراق باستخدام مسقطات الأوراق الكيميائية قبل مرحلة النضج الفيزيولوجي يؤدي إلى خفض غلة المحصول بسبب عدم انتهاء عملية نقل كامل المادة الجافة من المصدر الأوراق إلى المصب (البذور)، في حين يساعد استعمالها بعد مرحلة النضج الفيزيولوجي في التبكير في الحصاد، من دون أن يؤثر ذلك سلبا في الغلة الحبية. ويمكن حصاد الأصناف المبكرة عندئذ قبل 2-5 أيام، والأصناف المتأخرة بيوم واحد قبل الموعد الطبيعي للحصاد. يمكن حصاد الصويا بعد أسبوع واحد من اكتمال تساقط الأوراق، حيث تنخفض رطوبة الحبوب إلى 15%. عموما، يفضل حصاد الصويا عندما تصل نسبة الرطوبة في البذور بين 13-15%، ويتحول لون القرون من الأخضر إلى الأصفر ثم إلى البني أو الأسود حسب الصنف.

ويمكن أن يسبب الصقيع Frost، أو تناوب الشمس مع المطر إلى زيادة نسبة الانفراط، مما يؤدي إلى زيادة نسبة الفاقد من البذور في حال تأخير عملية الحصاد إلى حين النضج التام لجميع النباتات.

وعند الشروع في حصاد الصويا يجب على المزارع مراعاة النقاط الآتية:

1. عدم التبكير الزائد في الحصاد، حتى لا تزيد نسبة الحبوب المجعدة بسبب عدم اكتمال امتلاء البذور، ما يؤثر سلبا في كمية المحصول الناتج ونوعيته.

2. عدم المبالغة في التأخير في الحصاد، حتى لا تزداد نسبة الفاقد من البذور بسبب انفراط القرون Shattering، وزيادة نسبة البذور المكسورة، لأن الحبوب الجافة تماما أكثر حساسية للانقسام Splitting بفعل الآلات الحادة في الحصادة.

3. عند استخدام الحصادة الدراسة يجب أن تكون سرعة سير الآلة أقل مما هو عليه في حالة القمح، وأن يكون مستوى القص أخفض، حتى لا تزداد نسبة القرون المتروكة على الجزء السفلي من الساق.

4. يراعى تعيير الاسطوانات داخل الآلة بحيث تكون سرعة دوارنها 300 - 450 دورة بالدقيقة، حتى لا تتهشم قشرة البذور، وتفقد الحبوب حيويتها، وترتفع نسبة البذور المنقسمة والمكسورة.

5. يعود معظم الفاقد (9 – 20%) عند استعمال الحصادة الدراسة إلى سكين القطع، ورأس الحصادة الجامع للنباتات. وقد طورت عدة نماذج من الحصادات في الآونة الأخيرة، بحيث خففت نسبة الفاقد بمقدار 50%. ويسهم استواء الحقل وخلوه من الكدر في تسهيل عملية الحصاد وتقليل الفاقد من القرون.

يمكن حصاد المحصول في حالة الحيازات الصغيرة باليد أو المنجل. ولتقليل الانفراط يجب أن يتم الحصاد في ساعات الصباح الباكر، ثم تجمع النباتات وتنقل إلى البيدر، وتترك لتجف مع التقليب المستمر منعا للتعفن، ثم تدق بالعصا أو تدرس بالنورج. ويمكن إجراء عملية الحصاد يدوية في المناطق التي تتوافر فيها العمالة بكثرة، حيث تقلع النباتات وتجمع في أكوام، وتفرط بالدق بالعصي أو بوساطة فراطة بذور حقلية Portable thresher.

أصبح الحصاد الآلي Mechanised harvesting ممكنا بعد إدخال الأصناف المنضغطة Compact، والقائمة، والمقاومة للانفراط Shatter- resistant ، ولكنها تتسم بتشكل القرن الأول قريبا من سطح الأرض. وارتبطت زيادة ارتفاع القرن الأول بتأخير حدوث الإزهار، وانخفاض عدد القرون الكلي المتشكل في النبات الواحد في الأصناف الحديثة عالية الإنتاجية التي تشكل القرن الأول أعلى من ارتفاع محور القص Cutter- bar، مما يساعد في تسهيل عملية الحصاد الآلي. وتصبح نباتات فول الصويا جاهزة للحصاد عندما تصفر وتسقط معظم الأوراق، وتجف القرون السفلى وتصبح مصفرة اللون، ويتحول لون البذور في الأصناف التجارية إلى اللون الأصفر. ويجب أن لا يتجاوز محتوى البذور من الرطوبة 14-15% عند الحصاد، ولا يسمح ارتفاع محتوى البذور المائي عن ذلك المستوى في عملية حفظها وتخزينها بأمان بدون تجفيفها أولا وخفض محتواها الرطوبي إلى 14-15% في حين يؤدي انخفاض محتوى البذور من الرطوبة إلى ما دون 12% إلى زيادة حساسيتها للضرر الميكانيكي. وعادة ما يكون محتوى البذور المائي عند اكتمال مرحلة النضج الفسيولوجي قرابة 50-60%، وتحتاج عادة البذور إلى نحو 12-24 يوما لكي تصل إلى طور النضج التام، وينخفض محتواها المائي إلى 14%. ويمكن أن يحصد المحصول، عندما يصل معظم النباتات إلى مرحلة النضج التام، وقد يكون من المفيد أحيانا التبكير بالحصاد للحد من فقد البذور بالانفراط.

عموما، تتحدد غلة محصول الصويا عند الحصاد الآلي بمدى ارتفاع سكين القص بالمقارنة مع الحصاد اليدوي، كما هو مبين في الجدول الآتي:

عموما، إذا كانت نسبة الفقد أثناء الحصاد الآلي قرابة 10 بذور/م خلف الحصادة، فهذا يعني أن نسبة الفقد في الغلة تقدر بنحو 200 كغ . هكتار^-1، لذلك لابد من إيقاف عملية الحصاد، والبحث عن أسباب هذا الفقد، وتعيير الحصادة من جديد.

رغم حقيقة أن نوعية البذور Seed quality تكون أفضل ما يمكن خلال مرحلة النضج الفسيولوجي Physiological maturity، إلا أنه لا يمكن حصاد البذور خلال تلك المرحلة، بسبب ارتفاع محتوى البذور المائي، ولا يمكن تخزين البذور ما لم يتم تجفيفها. وعادة ما تبقى البذور على النبات الأم ثلاثة أسابيع لتصل إلى طور نضج الحصاد Harvest maturity، وكلما طال الفاصل الزمني بين النضج الفسيولوجي والنضج التام، ازدادت نسبة الفاقد بالانفراط وانخفضت نوعية البذور. ويؤثر أيضا انتشار الأعشاب الضارة خلال فترة نضج البذور سلبا في نوعيتها، حيث تؤدي الأعشاب الضارة الطويلة التي تقوم بالنتح إلى رفع الرطوبة النسبية الجوية حول القرون الناضجة، مما يؤثر سلبا في نوعية البذور.