وهي المصادر التي لا دخل للإنسان فيها أي انه لم يتسبب في حدوثها ويصعب التحكم بها وهي الغازات الناتج عن البراكين وحرائق الغابات والأتربة من العواصف الترابية والرملية وهذه المصادر عادة تكون محدودة في مناطق معينة ومواسم معينة وأضرارها ليست جسيمة مثل غازات ثاني أكسيد الكبريت ، فلوريد الأيدروجين ، اكاسيد النتروجين الناتجة عن التفريغ الكهربائي للسحب الرعدية وغاز كبريتيد الهدروجين الناتج عن انتزاع الغاز الطبيعي من جوف الأرض او بسبب البراكين .

تساقط الأتربة المختلفة من الشهب والنيازك إلى طبقات الجو الأملاح التي تنتشر في الهواء بفعل الرياح والعواصف وتلك التي تحملها المنخفضات والجبهات الهوائية ، حبيبات لقاح النبات الفطريات والبكتريا والمكروبات المختلفة العالقة في الهواء سواء كان مصدرها التربة أو تعفن الحيوانات الميتة . المواد ذات النشاط الإشعاعي كتلك الموجودة في بعض تربات وصخور القشرة الأرضية او الناتجة عن تأين بعض الغازات بفعل الأشعة الكونية  ،وتعد الملوثات الهوائية الطبيعية من المصادر الأساسية في التلوث الهوائي لاسيما  العواصف الترابية والرملية والغبار البركاني ،وللعناصر المناخية لاسيما الرياح واختلاف درجة الحرارة في طبقات الجو وعدم استقرارها من العوامل الأساسية في نشر وتركيز التلوث كما سنلاحظ ذلك لاحقا على المستوى المحلي والاقليمي.