أطالس الجينومات Genome Atlases

رسوم دائرية (خاصة لجينومات الخلايا بدائية النواة ) او خطية للكروموسومات او البلازميدات تظهر فيها صفات جزيئية لل DNA واغلبها معتمدا" على الشفرات اللونية وتدريجاتها. وساعدت التطورات السريعة في تقنيات الحاسوب في رسم العديد من هذه الاطالس لذلك كانت أول خطوات اكتشاف جينوم جديد هو المقارنة مع التواليات الموجودة لغرض تحديد المواصفات الجديدة الثابت منها والمتغير ولذلك تعد أطالس الجينومات وسيلة لجمع عدد من المواصفات والمعلومات في شكل واحد يلخص قصة طويلة ومفصلة عن الكروموسوم او البلازميد .
واغلب الأطالس تكون خاصة بالأحياء المجهرية والبكتريا على وجه الخصوص وبلازميداتها واغلبها من بيئة اليابسة والبحار ، ومن المعروف ان هذه الأحياء تكون ذات كثافة تشفيرية عالية تصل الى أكثر من 80 % وان كانت تقل عن هذه القيم في الأحياء التي تقطن البيئة وتعتمد على نوعية الكائن . وباستعمال الأطالس يمكن ربط عدة صفات . ويمكن للأطالس إظهار صفات مثل طول الجينوم ، مكونات الجينوم من القواعد ومحتوياتها من AT، الكثافة الجينية وهل ان الجينات ضمن عناقيد او اوبرونات ، كيفية التعبير الجيني والتي تعتمد على المواصفات التركيبية لل DNA ، مقارنة مكونات الجينوم من القواعد النتروجينية . ، تحديد مناطق المكررات من النيوكلوتيدات لتحديد مناطق التنظيم والتي تستعمل في تفسير مكونات الجينوم . ، إظهار عدد جينات tRNA و rRNA ، واستخدام الشفرات وانحراف محتوى القواعد Base Skew فضلا" عن انحراف قطع صغيرة من النيوكلوتيدات Oligo - skews والتي ساعدت في أيجاد نقطة أصل التضاعف بطول 1 - 8 من القواعد النتروجينية ، إظهار تقوسات جزيئة DNA Curvature وطاقة الرص للقواعد النتروجينية Stacking Energy .
تعد الأطالس وسائلا" توضيحية ذات فوائد جمة لتزويد المستخدم بنظرة شاملة حول محتوى الجينوم ، وأفضل الرسوم هي القابلة لتكبير المناطق ذات الأهمية . وتعتمد وسائل رسم الأطالس على الألوان وشفراتها لإظهار المعلومات الرقمية في أطالس الجينومات . وتشفير الألوان يكون : باستعمال مقياس خطي له قيمة دنيا وعليا ثابتة والقيم الباقية تتدرج بينها ، او استعمال المقياس الداينميكي Dynamic Scale المعتمدة على الانحراف المعياري ، وعند استعمال هذا النظام فأن شدة اللون تقل عند الوصول الى قيم المعدل ، لذا يتم التأكيد على المناطق التي فيها تغاير مهم.

ويستعمل اللون الرمادي الباهت للمعدل وعندما تكون قيم المعدل تشذ عن الانحراف المعياري بواحد يزداد اللون غمقا" ، اما اذا كان بحدود 2 - 3 مرات فيكون غمق اللون أعلى بخمس مرات من حالة المعدل ، وعندما تكون القيم أعلى من 3 مقارنة بالمعدل يكون اللون اسود ( او أغمق حالة من اللون المستعمل ) ، أي ان القيم المحسوبة تمثل بشفرات اللون.
وفي العموم فأن المناطق الوسطية تأخذ اللون الرمادي الباهت لتنطلق منها تدريجات الألوان على الجانبين . وتدخلفي هذه الوسائل قيم المتوسطات الموجودة في الكروموسوم ، فمثلا" عند عدم وجود فرق واضح في محتوى المادة الوراثية من AT فأنها تقارن مع متوسط ما موجود في الكروموسوم وعند هذه المنطقة فأنها تشير الى دخول DNA غريب مثل التقاط العاثيات او DNA غريب دخل بطرق أخرى .
وتوضح في الأطالس درجة الوضوح Resolution فمثلا" درجة 928 bp يعني ان أي خط واضح في الدائرة يمثل منطقة من DNA فيها 928 قاعدة وعلى ضوءها تعدل باقي القيم .
ويوضح في الأطلس موقع بدء التضاعف Ori C وموقع انتهاء التضاعف وترفق مع الأطالس جداول للإيضاح وتبيان للعلاقات المستعملة وهناك العديد من المؤشرات التي تستعمل في رسم الأطالس اعتمادا" على نوع الأطلس بعد إخضاعها لعمليات إحصائية ، وقد وجد ان القيم الخاصة بتراكيب DNA تكون أكثر تطرفا" من تلك المتوقعة من مكونات النيوكلوتيدات .